ABL1-PTPN1-RTCB轴：一个从非折叠蛋白反应到神经肿瘤病理学的RNA连接分子开关

By Google Gemini 2.5 Pro Deep Research

引言

RNA连接的中心地位

在分子生物学的中心法则中，RNA长期以来被视为DNA和蛋白质之间的被动信使。然而，近几十年的研究已经颠覆了这一观念，揭示了RNA本身就是一个受高度调控的分子实体。转录后修饰，特别是RNA连接，已成为一种强大的细胞调控机制，它通过改变RNA的序列、结构和编码潜力，从而动态地调控细胞功能以响应内外环境的变化 ¹。RNA连接并非仅仅是tRNA成熟或mRNA剪接等基础生命活动中的一个简单步骤，而是一个动态的调控枢纽。例如，在非折叠蛋白反应（Unfolded Protein Response, UPR）中，XBP1 mRNA的非经典剪接和连接是激活该信号通路的关键；同样，一些tRNA的成熟也依赖于内含子切除后的连接过程 ¹。这些过程的精确调控对于维持细胞稳态至关重要。

核心参与者简介

本报告的核心是围绕一个由激酶、磷酸酶和RNA连接酶组成的三元信号轴展开的，该信号轴在细胞应激反应和疾病病理中扮演着关键角色。

RTCB (RNA 2′,3′-cyclic phosphate and 5′-OH ligase): RTCB是一种在从细菌到后生动物中高度保守的RNA连接酶 ¹。其结构和催化机制都非常独特，它是一种依赖GTP的RNA连接酶，这与经典的依赖ATP的连接酶截然不同 ²。在后生动物中，RTCB被证实是催化关键底物（如XBP1 mRNA和含内含子的tRNA）连接的唯一连接酶，这使其在蛋白质合成和细胞稳态维持中占据了不可或缺的地位 ¹。RTCB的活性受到其所在的多蛋白复合物——tRNA连接酶复合物（tRNA Ligase Complex, tRNA-LC）的精密调控。
ABL1 (c-Abl): ABL1基因编码的c-Abl是一种非受体酪氨酸激酶，广泛参与细胞内的多种信号传导过程，包括细胞生长、增殖、分化、细胞黏附、DNA损伤反应以及细胞骨架重塑 ⁵。c-Abl的活性受到严格的调控，其异常激活与多种疾病的发生密切相关。最为人所知的是，在慢性髓系白血病（Chronic Myeloid Leukemia, CML）中，t(9;22)染色体易位导致BCR与ABL1基因融合，形成BCR-ABL融合蛋白。该融合蛋白具有持续的、不受调控的酪氨酸激酶活性，是CML发病的核心驱动因素 ⁵。
PTPN1 (PTP1B): PTPN1基因编码的蛋白酪氨酸磷酸酶1B（PTP1B）是蛋白酪氨酸磷酸酶（PTP）家族的创始成员 ⁸。PTP1B主要定位于内质网（Endoplasmic Reticulum, ER）的胞质面，是胰岛素和瘦素信号通路的关键负调控因子 ⁸。除了在代谢调控中的核心作用外，PTP1B还参与细胞生长、ER应激反应和肿瘤发生等多种病理生理过程 ⁸。

报告主旨

本报告旨在深入剖析ABL1-PTPN1-RTCB信号轴的分子机制及其广泛的生物学功能。报告将首先详细阐述ABL1激酶和PTPN1磷酸酶如何通过一个可逆的磷酸化/去磷酸化循环，像一个分子开关一样精确调控RTCB的RNA连接活性，并以其在非折叠蛋白反应（UPR）中的经典作用为切入点，揭示其调控细胞应激反应的分子细节。随后，报告将超越UPR的范畴，整合来自神经生物学、肿瘤学和免疫学等多个领域的最新研究成果，系统性地探讨该信号轴在神经损伤与再生、神经退行性疾病的病理进程、白血病的肿瘤细胞成瘾性以及宿主-病毒相互作用等多种生命活动中的多样化甚至相互矛盾的功能。通过这种跨学科的综合分析，本报告旨在构建一个关于ABL1-PTPN1-RTCB信号轴如何作为细胞命运决定中心的多层次、网络化的新认知。

第一节 RTCB RNA连接酶复合物：结构与催化机制

为了理解ABL1-PTPN1-RTCB信号轴的功能，首先必须深入了解其核心执行者——RTCB及其所在的tRNA连接酶复合物（tRNA-LC）的生化特性。RTCB独特的催化机制和其多蛋白复合物的动态组成，是其发挥多样化生物学功能的基础。

独特的催化化学

RTCB的RNA连接机制与经典的、依赖ATP的RNA连接酶（如T4 RNA ligase）有着本质的区别，其催化过程不消耗ATP，而是依赖于GTP，并且经历一个独特的多步反应 ²。

GTP依赖的酶激活: 反应的第一步是RTCB自身的激活。RTCB活性位点中的一个高度保守的组氨酸残基（例如，大肠杆菌RtcB中的His337，人类RTCB中的His428）对GTP的α-磷酸基团进行亲核攻击，形成一个共价的RtcB-GMP中间体（通过磷酸酰胺键连接），并释放焦磷酸（PPi）²。这一步是整个连接反应的启动步骤，将GTP的高能磷酸键能量转移到了酶自身。
底物激活: 激活的RTCB-GMP复合物随后将GMP基团转移到待连接的RNA底物的3′-磷酸末端，形成一个RNA-(3′)pp(5′)G的活化中间体。这个中间体具有一个高能的磷酸-磷酸酐键，为下一步的连接反应提供了能量 ²。
连接反应: 另一个RNA片段的5′-羟基（5′-OH）末端对活化的RNA-(3′)pp(5′)G中间体的3’端磷原子进行亲核攻击，形成一个标准的3′-5’磷酸二酯键，从而将两个RNA片段连接起来，同时释放出GMP ²。

值得注意的是，RTCB具有广泛的底物适应性。它能够连接带有2′,3′-环磷酸末端和5′-OH末端的RNA片段。在这种情况下，RTCB首先催化2′,3′-环磷酸水解，生成一个3′-单磷酸末端，然后再进行上述的连接反应 ²。这种能力对于其处理由特定核酸内切酶（如IRE1α）切割产生的RNA片段至关重要，因为这类切割通常会产生2′,3′-环磷酸和5′-OH末端。此外，整个催化过程还需要二价金属离子（如

$Mn^{2+}$或$Co^{2+}$）的参与，这些金属离子在协调GTP结合和催化过程中发挥着关键作用 ²。

这种独特的催化机制从根本上决定了RTCB在细胞中的角色。它不仅是一个tRNA或mRNA的剪接工具，更是一个潜在的RNA修复酶。能够直接连接断裂的、带有3′-磷酸和5′-羟基末端的RNA片段，是RNA损伤修复的核心特征。这一化学特性暗示了RTCB的原始进化功能可能就是应对各种RNA损伤，这一推测在后续的研究中得到了证实。例如，在细菌中发现的RtcB2-PrfH系统，就被证明专门用于修复被核糖毒素损伤的核糖体RNA，这为RTCB的RNA修复功能提供了强有力的直接证据 ¹²。因此，其在tRNA成熟和XBP1剪接中的作用，可以看作是这一古老修复功能的特化和适应。

后生动物tRNA连接酶复合物（tRNA-LC）：一个多蛋白机器

在后生动物中，RTCB并非独立工作，而是作为一个大型多蛋白复合物——tRNA连接酶复合物（tRNA-LC）的催化核心。通过对HeLa细胞提取物的活性导向纯化，研究人员鉴定出了这个复合物的多个核心成员 ³。人类tRNA-LC的五聚体核心由以下蛋白组成：

RTCB: 催化亚基，负责RNA连接反应。
DDX1: 一种DEAD-box家族的ATP依赖性RNA解旋酶。
RTRAF (CGI-99/hCLE): 一个与转录调控复合物FACT同源的多聚体蛋白。
FAM98B: 功能尚不明确的复合物成员。
ASW (Ashwin): 功能尚不明确，可能与复合物的核定位有关 ³。

这些辅助亚基的功能对于调控RTCB的活性至关重要。例如，DDX1的作用尤为有趣。尽管RTCB的连接反应本身依赖GTP，但生化实验表明，DDX1的ATP水解活性对于RTCB的完全鸟苷酸化（即第一步激活反应）是必需的。DDX1的保守位点突变（K52N）会显著影响RTCB的鸟苷酸化水平 ³。这表明DDX1可能通过其解旋酶活性，重塑RNA底物或tRNA-LC复合物本身的构象，从而为RTCB的激活和催化创造有利条件。

RTRAF被发现能与RNA聚合酶II共定位，其敲低会导致整体RNA转录水平下降约50%，暗示它可能将RNA连接与转录过程偶联起来 ³。而

ASW和FAM98B在复合物中的具体功能仍有待阐明 ³。

tRNA-LC的组成并非一成不变，其成员表现出显著的动态性和模块化特征。例如，RTCB、DDX1和RTRAF也被发现在小鼠神经元中与驱动蛋白kinesin 5相关联，形成一个RNA运输复合物 ³。此外，这些亚基还与mRNA的5’帽子结构相关联，参与HEK293T细胞中RNA颗粒的运输和翻译 ³。这种模块化的特性表明，tRNA-LC并非一个仅执行tRNA/XBP1剪接的静态单元。相反，它更像一个动态的平台，其亚基可以根据细胞类型、亚细胞定位（如细胞核、细胞质、神经元轴突）或细胞状态（如应激与稳态）进行重组或被重新利用，以调控不同的RNA底物，从而实现其在UPR之外的广泛功能。

关键辅因子的调控

除了核心复合物成员外，RTCB的活性还受到另外两个关键辅因子的精密调控。

Archease (ARCH): Archease是RTCB实现多次催化循环的关键。在没有Archease的情况下，RTCB在完成一轮连接反应后便会失活，成为一个单周转酶 ³。Archease与RTCB的相互作用是瞬时性的，它能够以亚化学计量的比例显著提高RTCB的催化效率 ³。机制上，Archease能够深入RTCB的活性位点，协调GTP和金属离子的结合，从而促进RTCB-GMP共价中间体的形成 ¹⁰。有趣的是，在某些物种（如大肠杆菌）中，RtcB本身就具有多周转能力，不需要Archease的辅助，这暗示了不同物种间RtcB的调控机制存在差异 ³。
PYROXD1: 最近的研究揭示了一个与tRNA-LC协同进化的黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）依赖性氧化还原酶——PYROXD1 ¹⁷。RTCB活性中心含有一个对氧化非常敏感的保守半胱氨酸残基，在有氧条件下，尤其是在铜离子存在时，该残基容易被氧化而导致RTCB失活 ¹⁸。PYROXD1的功能正是在于保护RTCB免受这种氧化性失活。在NAD(P)H存在的情况下，PYROXD1能与RTCB形成复合物，其C末端尾部直接与RTCB的催化中心相互作用，物理性地遮蔽了活性位点，从而阻止了活性氧（ROS）和铜离子的接触，维持了RTCB的活性 ¹⁷。这一发现将RTCB的活性调控与细胞的氧化还原状态直接联系起来，揭示了在氧化应激条件下维持RNA连接和修复功能的重要性。

综上所述，RTCB作为一个独特的GTP依赖性RNA连接酶，其活性受到一个多层次、动态的调控网络所控制，包括其核心复合物tRNA-LC的模块化组成、关键辅因子Archease的催化循环促进作用，以及PYROXD1的氧化还原保护。这种复杂的调控体系赋予了RTCB处理多种RNA底物并响应不同细胞信号的能力，为其在后续章节将要讨论的多种生理和病理过程中发挥核心作用奠定了分子基础。

第二节一个可逆的磷酸化开关：ABL1和PTPN1作为RTCB的主调控因子

在tRNA-LC复杂调控网络的基础上，一个更为精确和动态的调控层级通过可逆的酪氨酸磷酸化来实现。这一机制由c-Abl（ABL1）激酶和PTP1B（PTPN1）磷酸酶构成，它们如同一个分子开关，精确控制着RTCB的活性，并决定着细胞在应激下的命运抉择。

ABL1介导的RTCB抑制性磷酸化

研究表明，在ER应激条件下，非受体酪氨酸激酶c-Abl被激活，并直接磷酸化RTCB，从而抑制其RNA连接活性 ¹⁹。这一关键发现的实验证据坚实而多维：

体外激酶实验 (In vitro kinase assays): 使用重组的c-Abl蛋白和RTCB蛋白进行的体外反应显示，c-Abl能够直接将磷酸基团转移到RTCB上。通过抗磷酸化酪氨酸（pY）的抗体进行免疫印迹（Western Blot），可以清晰地观察到RTCB蛋白的磷酸化信号，而当c-Abl不存在或其激酶活性被抑制时，该信号消失 ¹⁹。这直接证明了两者之间存在酶-底物的关系。
体内证据 (In vivo evidence): 在细胞水平上，通过免疫共沉淀（Immunoprecipitation, IP）技术可以捕获内源性或外源标签化的RTCB蛋白。当细胞用磷酸酶抑制剂（如钒酸盐衍生物bpV(phen)）处理以阻止去磷酸化过程时，IP下来的RTCB蛋白表现出显著增强的酪氨酸磷酸化水平 ¹⁹。这证实了在生理条件下，RTCB确实是一个被酪氨酸磷酸化的蛋白。

通过质谱分析和定点突变等技术，研究人员精确定位了人类RTCB上被c-Abl磷酸化的三个主要酪氨酸残基：Y306、Y316和Y475 ¹⁵。这三个位点并非等效，它们在调控RTCB功能上可能存在层级关系。通过将这些酪氨酸突变为不能被磷酸化的苯丙氨酸（Y-to-F突变），研究人员发现：将Y475突变（Y475F）后，RTCB的总体磷酸化水平显著降低，这表明Y475可能是c-Abl的一个优先磷酸化位点或关键位点。而Y306F和Y316F的单突变对总体磷酸化水平影响不大，但Y306F/Y316F双突变体的磷酸化水平则显著低于单个突变体 ²¹。这暗示了这些位点之间可能存在协同效应，或者不同的应激信号可能诱导不同的磷酸化模式。

PTPN1介导的RTCB激活性去磷酸化

与c-Abl的抑制作用相抗衡的是定位于内质网的蛋白酪氨酸磷酸酶PTP1B。PTP1B负责移除RTCB上的磷酸基团，从而恢复其RNA连接活性，完成这一调控循环 ¹⁵。

PTP1B与磷酸化RTCB（p-RTCB）的相互作用机制已通过先进的计算机模拟和生化实验得到阐明：

底物识别与结合: p-RTCB的磷酸化酪氨酸残基（特别是pY306）能够精确地嵌入PTP1B的活性口袋中。pY306的磷酸基团与PTP1B的“门控”残基Arg47和Lys120形成关键的氢键和盐桥相互作用 ¹⁵。这些相互作用不仅确保了底物识别的特异性，还将pY306的磷酸基团正确定位，使其朝向PTP1B的催化核心。
构象变化与催化: 底物的结合诱导PTP1B发生关键的构象变化。其WPD-loop（一个包含Trp-Pro-Asp序列的柔性环）会从开放的“非活性”状态转变为闭合的“活性”状态，将底物包裹在内。这一变化由WPD-loop中的Asp181驱动，它在催化过程中扮演通用酸和通用碱的角色 ¹⁵。
去磷酸化反应: 在闭合构象下，PTP1B活性中心的催化残基Cys215的硫醇负离子对pY306的磷原子发起亲核攻击，形成一个短暂的磷酸-半胱氨酸共价中间体，并释放出已去磷酸化的RTCB。随后，一个水分子在Asp181的辅助下水解该中间体，释放出无机磷酸，使PTP1B恢复到初始状态，准备下一轮催化 ⁸。

功能分岔：XBP1剪接 vs. RIDD

ABL1-PTPN1-RTCB磷酸化开关最重要、最直接的功能后果，是决定了UPR核心传感器IRE1α的两种不同RNase活性的输出平衡。IRE1α在激活后，可以执行两种截然不同的功能：一是对XBP1 mRNA进行非经典剪接，二是对一系列其他特定的mRNA和miRNA进行降解，这一过程被称为“受IRE1调控的依赖性降解”（Regulated IRE1-Dependent Decay, RIDD）¹⁹。XBP1剪接通常导向一个适应性和促生存的细胞程序，而RIDD则更多地与细胞功能障碍和程序性死亡相关。

RTCB的磷酸化状态正是调控这两种功能输出的“分岔路口”上的信号灯：

去磷酸化RTCB (活性状态): 当RTCB被PTP1B去磷酸化后，它处于活性状态。此时，如果IRE1α切割了XBP1 mRNA，活性的RTCB能够高效地将两个外显子片段连接起来，产生功能性的转录因子XBP1s。XBP1s进入细胞核，启动一系列基因的表达，增强ER的折叠和降解能力，从而帮助细胞适应ER应激，恢复稳态，促进生存 ¹⁵。
磷酸化RTCB (非活性状态): 当RTCB被c-Abl磷酸化，特别是Y306位点被磷酸化后，其构象发生改变，导致其与IRE1α的相互作用受到干扰和减弱 ¹⁹。这使得RTCB无法有效连接被IRE1α切割的XBP1 mRNA片段。其后果是双重的：一方面，XBP1s的产生被显著抑制，适应性UPR通路受阻；另一方面，从连接XBP1任务中“解放”出来的IRE1α，可以将其RNase活性转向降解其他RIDD底物。RIDD的激活会降解对细胞生存至关重要的mRNA（如与蛋白质分泌和折叠相关的基因）和一些miRNA，从而将细胞推向凋亡 ¹⁹。

因此，ABL1-PTPN1-RTCB信号轴通过调控RTCB的磷酸化状态，动态地决定了IRE1α信号的输出方向，使细胞能够在适应性生存和程序性死亡之间做出精确抉择。

为了更清晰地展示这一磷酸化开关的分子基础，下表总结了关键的RTCB酪氨酸突变体实验及其功能后果。

表1：RTCB酪氨酸磷酸化突变体的功能后果

RTCB突变体	对总体酪氨酸磷酸化的影响	对XBP1 mRNA剪接的影响	对RTCB-IRE1α相互作用的影响	关键参考文献
野生型 (WT)	正常	正常	正常	¹⁹
Y306F	磷酸化水平与WT相似	减弱 (Attenuated)	受干扰 (Perturbed)	¹⁹
Y316F	磷酸化水平与WT相似	减弱	未明确报道	²¹
Y475F	磷酸化水平降低	未明确报道	未明确报道	²¹
Y306F/Y316F	磷酸化水平降低	显著减弱	受干扰	¹⁹
Y306F/Y316F/Y475F (3F)	磷酸化水平严重降低	严重减弱	受干扰	²¹

这张表格清晰地表明，Y306是调控与IRE1α相互作用并最终影响XBP1剪接的关键残基，而其他位点（如Y475）可能在整体磷酸化水平的调控中扮演更重要的角色。

这种精密的调控机制揭示了细胞信号传导的两个深层逻辑。首先，ABL1-PTPN1-RTCB轴并非一个简单的“开/关”装置，而是一个应激敏感的“变阻器”。多个磷酸化位点的存在以及它们可能不同的磷酸化/去磷酸化动力学和功能影响，为细胞提供了一个精细调节UPR强度的机制。轻度或短期的ER应激可能只引起部分或特定的磷酸化，从而微调XBP1s的产量；而严重或持续的应激可能导致更广泛或更稳定的磷酸化（特别是Y306），从而彻底关闭XBP1s通路，并激活RIDD介导的凋亡程序。这种分级响应能力使细胞能够根据应激的严重程度做出恰当的反应。

其次，该通路构建了一条从细胞质酪氨酸激酶信号到细胞核转录程序的直接通路。c-Abl和PTP1B是经典的信号分子，它们整合了来自细胞表面受体（如生长因子受体）和细胞内环境（如氧化应激、DNA损伤）的多种信号 ⁶。通过直接调控RTCB的活性，它们能够绕过许多传统的、多步骤的信号转导级联反应，直接控制一个强效转录因子（XBP1s）的生成。这代表了一种高效、直接的信号整合方式，使得细胞能够迅速将来自细胞质的生存或死亡信号转化为一个特定的细胞核基因表达程序。

第三节经典角色：精心策划非折叠蛋白反应

在探索ABL1-PTPN1-RTCB信号轴的广泛功能之前，有必要首先将其置于最广为人知且研究最透彻的生物学背景中——非折叠蛋白反应（UPR）。正是在这一核心细胞稳态维持机制中，该信号轴的调控作用得到了最清晰的阐释。

UPR作为核心稳态维持机制

UPR是真核细胞应对内质网（ER）应激的一种进化上高度保守的信号网络 ²⁴。当ER内未折叠或错误折叠的蛋白质积累，超出其处理能力时，ER应激便会发生。这种情况可由多种因素引发，包括蛋白质合成需求过高、病毒感染、突变蛋白表达、缺氧、能量剥夺或氧化应激等 ²⁴。UPR的主要目标是恢复ER的蛋白质稳态（proteostasis），其策略主要包括三个方面：(i) 通过抑制全局蛋白质翻译来减轻ER的折叠负荷；(ii) 上调分子伴侣和折叠酶的表达，以增强ER的蛋白质折叠能力；(iii) 加强ER相关蛋白降解（ER-associated degradation, ERAD）通路，以清除错误折叠的蛋白质 ²⁴。如果这些适应性措施无法解决ER应激，UPR则会转换其角色，启动细胞凋亡程序，以清除受损严重的细胞 ²⁷。

哺乳动物的UPR主要由三个位于ER膜上的传感器蛋白启动：IRE1 (Inositol-requiring enzyme 1)、PERK (PKR-like ER kinase) 和 ATF6 (Activating transcription factor 6) ²⁴。在正常情况下，这三个传感器都与ER腔内的分子伴侣BiP (也称GRP78) 结合，处于非活性状态。当未折叠蛋白在ER腔内积累时，它们会竞争性地与BiP结合，导致BiP从传感器上解离，从而激活这三条并行的信号通路 ²⁴。

IRE1α-XBP1通路：一个保守的信号模块

IRE1α是UPR中进化上最为古老的传感器，它同时具有丝/苏氨酸激酶和核糖核酸内切酶（RNase）两种活性 ¹⁹。当BiP解离后，IRE1α发生寡聚化和反式自磷酸化，这导致其胞质侧的RNase结构域被激活 ²⁴。

激活的IRE1α RNase的一个关键底物是XBP1的mRNA。IRE1α能够识别XBP1 mRNA上的两个高度保守的茎环结构，并精确地从中切除一个26个核苷酸的内含子 ¹⁵。这个剪接事件发生在细胞质中，因此被称为“非经典剪接”（unconventional splicing），因为它绕过了细胞核内的剪接体机制。

RTCB不可或缺的连接步骤

IRE1α的切割只是第一步，它产生了两个独立的XBP1 mRNA外显子片段。要产生一个完整的、可被翻译的mRNA，必须有一个RNA连接酶将这两个片段重新连接起来。研究明确指出，RTCB是后生动物中负责完成这一关键连接步骤的唯一连接酶 ¹。

在C. elegans的RTCB功能缺失突变体中，研究人员观察到，在ER应激诱导下，未连接的XBP1 mRNA片段会大量积累，而成熟的、剪接形式的XBP1 mRNA则无法生成 ¹。这直接导致了UPR信号通路的缺陷，表现为下游报告基因（如

Phsp-4::GFP）无法被激活，并且这些突变体动物对ER应激诱导剂（如衣霉素）的敏感性显著增加，寿命也随之缩短 ¹。

XBP1 mRNA的非经典剪接之所以至关重要，是因为这26个核苷酸内含子的移除导致了后续编码序列的移码。剪接前的XBP1u mRNA翻译产生的是一个不稳定且无转录活性的XBP1u蛋白。而剪接后的XBP1s mRNA则翻译产生一个全新的C末端，该C末端包含一个强大的转录激活域 ³²。这个新生成的XBP1s蛋白是一个高效的转录因子，它进入细胞核，结合到下游靶基因启动子区域的ER应激反应元件（ERSE）或UPR元件（UPRE）上，从而激活一系列参与ERAD、蛋白质折叠、脂质合成和分泌通路相关基因的转录，最终全面提升细胞应对ER应激的能力 ¹⁵。

将IRE1α的切割功能与RTCB的连接功能分离开来，构成一个两步反应，这为细胞提供了额外的调控层面，形成了一个关键的**“连接检查点”**。细胞可以通过激活IRE1α来启动应激反应的第一步（切割XBP1 mRNA），但这并不意味着细胞必须承诺执行由XBP1s介导的完整促生存程序。最终的决定权掌握在RTCB的活性状态上。正是在这个连接步骤，ABL1-PTPN1磷酸化开关发挥其核心调控作用。如果细胞同时接收到其他强烈的死亡信号（例如，由严重DNA损伤或氧化应激激活的c-Abl），c-Abl可以通过磷酸化并抑制RTCB，来否决这个已经启动的促生存UPR输出。这种机制允许细胞整合来自不同应激源的信号，做出更精准的细胞命运决定，而不是简单地对ER内未折叠蛋白的积累做出单一的、线性的反应。

第四节 UPR之外I：神经元命运与功能的中心调控者

尽管ABL1-PTPN1-RTCB信号轴在UPR中的作用已得到充分证实，但越来越多的证据表明，其功能远不止于此。在高度特化的神经系统中，该信号轴的成员扮演着复杂、多面甚至相互矛盾的角色，调控着从急性损伤修复到慢性退行性病变的一系列关键过程。这些功能往往独立于其在UPR中的经典作用，揭示了该信号轴在神经生物学中的深刻影响。

意外的角色：抑制轴突再生

轴突再生是神经损伤后功能恢复的关键，但中枢神经系统的再生能力非常有限。一个里程碑式的研究利用秀丽隐杆线虫（C. elegans）作为模型，揭示了RTCB在轴突再生中一个出乎意料的抑制性作用 ⁴。

通过单神经元激光轴切术，研究人员发现，RTCB的同源基因rtcb-1的功能缺失突变体，在轴突被切断后表现出显著增强的再生能力。与野生型相比，rtcb-1突变体的轴突再生速度更快，成功再生的比例也更高 ³⁴。这一表型可以通过在神经元中特异性地重新表达野生型RTCB来恢复，但表达一个催化活性失活的RTCB突变体（H428A）则无法恢复，这证明RTCB是通过其RNA连接酶活性，以细胞自主的方式抑制轴突再生的 ³⁴。

最为关键的是，这项研究通过精巧的遗传学实验，将RTCB的这一神经元功能与其已知的两个经典功能剥离开来：

独立于tRNA剪接功能: RTCB突变体存在tRNA成熟缺陷，但这并非其影响轴突再生的原因。通过在RTCB突变体中表达无内含子的tRNA，可以绕过其tRNA剪接缺陷并恢复其生长发育缺陷，但这种操作并不能抑制其增强的轴突再生表型 ¹。这清晰地表明，tRNA加工的缺陷与轴突再生调控无关。
独立于UPR/XBP1剪接功能: 如果RTCB是通过影响UPR来抑制再生，那么UPR通路的其他核心组件（如ire-1或xbp-1）的突变体也应表现出类似的再生增强表型。然而，实验结果并非如此，ire-1或xbp-1突变体的轴突再生能力与野生型没有显著差异 ⁴。这有力地证明了RTCB在神经元中的再生抑制功能，是独立于其在UPR中连接XBP1 mRNA的作用的。

此外，研究还发现，RTCB在轴突再生中的作用不依赖于其辅因子Archease，并且在轴突损伤后，RTCB蛋白会从神经元胞体易位并富集在受损的轴突末端，这暗示其可能在损伤局部发挥作用 ⁴。

这些发现意义重大，它们揭示了RTCB存在第三类未知的、对轴突生长至关重要的RNA底物。由于RTCB在损伤后定位于轴突末端，这些底物很可能是局部存在和翻译的RNA。它们的身份目前尚不清楚，但可能性包括：(1) 编码生长抑制因子的特定mRNA，这些mRNA可能需要被切割和重新连接才能被翻译；(2) 调控局部蛋白质合成的非编码RNA，如miRNA、lncRNA或tRNA衍生片段（tRFs），它们可能控制着再生相关基因（Regeneration-Associated Genes, RAGs）的翻译 ³⁷；(3) 由不同RNA片段连接而成的嵌合RNA，这些新分子可能具有全新的调控功能 ⁴⁰。鉴定这些神经元特异性的RTCB底物，是理解神经损伤修复机制的一个重要前沿领域。

神经退行性疾病中的枢纽

与在急性轴突损伤中的抑制作用形成鲜明对比的是，在慢性神经退行性疾病的背景下，ABL1-PTPN1-RTCB信号轴的成员展现出更为复杂和矛盾的病理作用。

阿尔茨海默病 (Alzheimer’s Disease, AD)

c-Abl作为致病驱动因子: 大量证据表明，c-Abl在AD患者的大脑中被异常激活 ⁴¹。Aβ寡聚体和氧化应激等AD相关的病理应激源是c-Abl激活的上游信号 ⁴¹。激活的c-Abl与AD的病理特征（如颗粒空泡变性、神经原纤维缠结）共存，并直接或间接地（通过激活CDK5）促进Tau蛋白的过度磷酸化，导致突触功能障碍和丢失，最终引发神经元死亡 ⁴²。因此，抑制c-Abl的活性被认为是一种有潜力的AD治疗策略。
PTPN1作为治疗靶点: PTPN1同样在AD病理中扮演着重要角色。PTPN1的抑制被认为是一种前景广阔的AD治疗方法，因为它能够同时对抗多种AD相关的有害过程 ⁴⁶。首先，AD大脑存在显著的胰岛素抵抗现象，而PTPN1是胰岛素信号通路的关键负调控因子，抑制PTPN1可以改善神经元的胰岛素敏感性 ⁴⁶。其次，PTPN1定位于ER，参与调控ER应激，其抑制有助于缓解Aβ诱导的ER应激 ⁴⁷。再次，PTPN1在小胶质细胞中高表达，并作为神经炎症的正调控因子；抑制PTPN1可以促进小胶质细胞对Aβ的吞噬作用，并减弱其炎症反应 ⁴⁷。
RTCB功能失调: 最近的研究发现，一种名为RTP801的应激反应蛋白在AD患者海马区和AD小鼠模型中过表达。RTP801能够与tRNA-LC相互作用，并显著抑制其mRNA连接活性，导致XBP1剪接受阻。在AD模型中，敲低RTP801可以恢复XBP1的剪接，暗示RTP801介导的RTCB功能抑制是AD病理过程中的一个环节 ⁵³。

帕金森病 (Parkinson’s Disease, PD)

c-Abl的致病作用: 与AD类似，c-Abl在PD患者大脑和多种PD模型中也被发现异常激活 ⁵⁵。在PD中，c-Abl的一个关键下游底物是E3泛素连接酶Parkin。c-Abl对Parkin的磷酸化会抑制其酶活性，损害其清除受损线粒体（线粒体自噬）的能力，从而导致线粒体功能障碍和氧化应激加剧 ⁵⁶。此外，c-Abl还能磷酸化α-突触核蛋白，促进其错误折叠和聚集，形成路易小体，这是PD的另一个核心病理特征 ⁵⁶。因此，能够穿透血脑屏障的c-Abl抑制剂，如尼洛替尼（Nilotinib），正在作为潜在的PD疾病修正疗法进行临床试验 ⁵⁵。
RTCB-XBP1轴的神经保护作用: 与其在轴突再生中的抑制作用截然相反，RTCB介导的XBP1剪接通路在PD模型中显示出明确的神经保护功能。在表达人类α-突触核蛋白的C. elegans PD模型中，多巴胺能神经元会发生进行性退变。研究发现，RTCB-1对于XBP-1 mRNA的剪接至关重要，而这条通路的完整性对于保护多巴胺能神经元免受α-突触核蛋白诱导的蛋白质错误折叠和细胞死亡是必需的 ⁶²。这表明，在应对慢性蛋白质毒性应激时，由RTCB介导的适应性UPR是一个关键的细胞生存机制。

综合分析：神经系统中一把依赖情境的“双刃剑”

综合以上证据，ABL1-PTPN1-RTCB信号轴在神经系统中的作用呈现出显著的情境依赖性，宛如一把“双刃剑”。在急性物理损伤（如轴突切断）的背景下，RTCB的活性是有害的，抑制其功能反而促进了修复和再生 ³⁴。然而，在慢性蛋白质毒性应激（如PD模型中的α-突触核蛋白聚集）的背景下，RTCB介导的UPR通路（即XBP1s的产生）又是

保护性的，对于维持神经元存活至关重要 ⁶²。

这种看似矛盾的现象并非不可调和，而是反映了细胞应对不同挑战时需求的变化。一个可能的统一模型是：

在急性损伤后，轴突再生需要一个大规模、快速的局部蛋白质组重塑过程，以支持生长锥的形成和轴突的延伸。在这种情况下，RTCB可能通过连接某些抑制性RNA（其底物尚待鉴定），对这一过程施加了一个“刹车”。因此，抑制RTCB相当于“松开刹车”，从而释放了神经元内在的再生潜力。

而在慢性神经退行性疾病中，细胞面临的主要挑战是持续的蛋白质毒性应激和ER功能障碍。此时，细胞的首要任务是恢复蛋白质稳态。由RTCB介导的、产生XBP1s的适应性UPR通路，正是应对这种挑战的核心防御机制。因此，AD和PD中c-Abl的病理性激活，其有害后果之一可能正是通过磷酸化并抑制RTCB，从而削弱了这条关键的神经保护性UPR通路，使得神经元在持续的应激下更容易死亡。

这一模型不仅统一了解释了该信号轴在不同神经病理情境下的相反作用，也为治疗策略的制定提供了深刻的启示。例如，针对神经损伤的治疗可能需要短暂抑制RTCB活性，而针对神经退行性疾病的治疗则可能需要增强RTCB-XBP1通路的功能，例如通过抑制c-Abl或RTP801，或直接激活PTPN1的特定底物作用。

第五节 UPR之外II：在肿瘤与免疫中被“劫持”的通路

ABL1-PTPN1-RTCB信号轴的复杂性不仅体现在神经系统中，在肿瘤生物学和免疫学等领域，该通路同样被“劫持”或成为细胞在病理状态下的关键依赖，展现出其作为核心信号模块的广泛适应性和重要性。

慢性髓系白血病（CML）中的“致癌基因成瘾”：一个核心悖论

CML是一种由BCR-ABL融合基因驱动的骨髓增殖性肿瘤 ⁵。BCR-ABL蛋白是一种持续激活的酪氨酸激酶，其激酶活性是CML白血病细胞无限增殖和生存的核心，也是酪氨酸激酶抑制剂（TKI）如伊马替尼（Imatinib）的治疗靶点 ⁶³。

对XBP1通路的依赖: 近期的研究揭示了一个令人惊讶的现象：CML的白血病干细胞（Leukemia Stem Cells, LSCs）对UPR的IRE1α-XBP1通路表现出“成瘾性” ⁶⁷。XBP1在CML LSCs中是一个与超级增强子（Super-enhancer, SE）相关的关键癌基因。通过遗传学手段（如敲低XBP1）或药理学手段（如抑制IRE1α的RNase活性以阻止XBP1剪接）来阻断XBP1s的生成，能够有效清除CML小鼠模型中的LSCs，抑制CML的进展，并降低原代CML患者CD34+细胞的存活和自我更新能力 ⁶⁷。这表明，XBP1s介导的适应性UPR对于维持LSCs的干性和耐药性至关重要。
核心悖论及其可能的解释: 这里出现了一个核心的悖论。一方面，CML的驱动力是持续激活的BCR-ABL激酶 ⁶⁴。另一方面，如前所述，激活的c-Abl（BCR-ABL保留了c-Abl的激酶结构域和活性）会磷酸化并抑制RTCB的活性 ¹⁹。那么，一个由高活性ABL1驱动的癌细胞，为何会如此依赖一个需要活性RTCB才能完成的信号通路（XBP1剪接）呢？这个悖论暗示了CML细胞中存在着更为复杂的信号网络调控，以下是几种可能的解释：
1. PTPN1活性的代偿性上调: 一种可能是，为了对抗BCR-ABL带来的巨大磷酸化压力，CML细胞可能代偿性地上调了某些磷酸酶的活性。如果PTPN1在CML LSCs中高表达或高活性，它就可能持续地对RTCB进行去磷酸化，从而抵消BCR-ABL的抑制作用，维持一个足以支持XBP1剪接的活性RTCB池。目前关于CML中磷酸酶表达谱的研究结果较为复杂，例如PP2A活性被抑制 ⁶⁸，而SHP-1的低表达与伊马替尼耐药相关 ⁷⁰。PTPN1在CML LSCs中的具体活性状态和调控机制，是解决这一悖论的关键，亟待深入研究。
2. 亚细胞区室化: 信号分子的空间分布可以实现功能隔离。BCR-ABL主要定位于细胞质，发挥其致癌信号 ⁶⁶。而XBP1 mRNA的剪接发生在ER膜上，RTCB与IRE1α在此处相互作用 ²⁵。因此，可能存在空间上分隔的酶池。定位于ER膜的RTCB可能受到局部PTPN1的强烈影响，而较少接触到细胞质中高活性的BCR-ABL，从而保证了XBP1剪接的顺利进行。
3. 负反馈回路的破坏: BCR-ABL的信号网络极为复杂，涉及多条下游通路和负反馈调节 ⁶⁴。BCR-ABL可能通过磷酸化，抑制了某个能够激活PTPN1或抑制BCR-ABL自身的蛋白。例如，有研究表明BCR-ABL可以磷酸化磷酸酶Shp2 (Ptpn11)，从而可能抑制对SFKs的负反馈 ⁷²。类似的机制可能也作用于PTPN1，导致在一个高激酶活性的背景下，磷酸酶活性也维持在较高水平，形成一个动态但有利于XBP1剪接的平衡。

调控先天免疫：以甲型流感病毒（IAV）为例

除了在肿瘤中的作用，tRNA-LC及其核心成员RTCB还在宿主与病原体的相互作用中扮演着重要角色。一项关于甲型流感病毒（IAV）感染的研究揭示了RTCB调控先天免疫的一个新机制 ⁷³。

研究发现，RTCB能够促进IAV的复制，其机制是通过抑制宿主的先天免疫反应。RTCB是tRNA-LC的成员，该复合物中还包含RNA解旋酶DDX1。在细胞中，存在另一个RNA解旋酶DDX21，它需要与DDX1结合形成复合物，才能有效诱导I型和III型干扰素（IFNs）及其下游干扰素刺激基因（ISGs）的表达，这是抗病毒免疫的关键环节 ⁷³。

RTCB通过与DDX21竞争结合DDX1，有效地“隔离”了DDX1，阻止了功能性的DDX1-DDX21复合物的形成。其结果是，IAV感染细胞的干扰素反应被显著削弱，从而为病毒的复制和传播创造了有利条件 ⁷³。有趣的是，IAV感染本身会诱导RTCB的mRNA和蛋白水平均下调，这可能代表了宿主的一种反制措施，试图通过降低RTCB水平来“释放”DDX1，以重新激活抗病毒免疫 ⁷³。

这一功能显然独立于RTCB的RNA连接活性和UPR，它揭示了tRNA-LC作为一个蛋白质相互作用平台的新角色。这也再次印证了该复合物的模块化和多功能性，其成员可以在不同的生物学情境下被重新组合，以执行与RNA连接无关的调控功能。

为了直观地比较该信号轴在不同疾病背景下的作用，下表对关键参数进行了总结。

表2：ABL1-PTPN1-RTCB信号轴在不同疾病中的作用比较

疾病/情境	ABL1/c-Abl状态	PTPN1的角色/状态	对RTCB活性的净效应	关键RTCB底物/互作蛋白	整体病理生理学后果
慢性髓系白血病 (CML)	组成性激活 (BCR-ABL)	未知，但可能高活性以对抗BCR-ABL	悖论性：理论上受抑制，但功能上必需	XBP1 mRNA	白血病干细胞存活与自我更新
轴突损伤	正常/可能局部激活	正常	抑制性	未知的神经元RNA	抑制轴突再生
阿尔茨海默病 (AD)	病理性激活	治疗靶点，功能亢进	可能受抑制，削弱保护性UPR	XBP1 mRNA, 其他未知底物	促进神经退行性病变
帕金森病 (PD)	病理性激活	未知	可能受抑制，削弱保护性UPR	XBP1 mRNA	抑制神经保护作用
甲型流感病毒感染	正常	不相关	不相关	DDX1 (互作蛋白)	抑制先天免疫，促进病毒复制

此表清晰地揭示了该信号轴功能的高度可塑性。同一个分子开关，在不同的细胞类型和应激条件下，可以被整合到完全不同的调控网络中，产生截然相反的生物学效应。理解这种情境依赖性是未来开发靶向该通路疗法的关键。例如，在CML中，可能需要同时抑制BCR-ABL和XBP1通路；而在神经退行性疾病中，则可能需要抑制c-Abl的同时，设法增强RTCB的活性。

第六节拓展视野：新底物与未来方向

对ABL1-PTPN1-RTCB信号轴的研究正在不断拓展我们对RNA生物学和细胞信号传导的认知。除了其在UPR、神经功能和肿瘤中的作用外，新的研究正在揭示RTCB更广泛的底物范围和tRNA-LC在不同应激条件下的动态调控，这些都为未来的研究指明了方向。

更广泛的RNA代谢与修复作用

RTCB的底物谱远不止XBP1 mRNA和前体tRNA。

tRNA衍生片段 (tiRNAs)的修复: 在氧化应激等条件下，成熟的tRNA会被血管生成素（angiogenin）等核酸酶在反密码子环处切割，产生长度约为30-40个核苷酸的tRNA衍生片段（tiRNAs或tRNA halves）⁷⁴。这些tiRNA本身具有生物学活性，例如可以抑制蛋白质翻译，是细胞应激反应的一部分 ⁷⁶。研究发现，RTCB及其所在的tRNA-LC能够将这些tiRNA片段重新连接成全长的、功能性的tRNA ⁷⁷。这意味着RTCB是tiRNA积累的一个负调控因子，扮演着RNA修复的角色。在氧化应激下，RTCB的活性本身会受到抑制，这会导致tiRNA的积累加剧，形成一个“触发-增强”模型：应激激活核酸酶产生tiRNA（触发），同时抑制RTCB的修复功能（增强），从而放大应激信号 ⁷⁷。这一发现将ABL1-PTPN1-RTCB轴与应激诱导的非编码RNA动态调控直接联系起来。
嵌合RNA的生成: RTCB的连接活性并非严格局限于同一个RNA分子的两个片段。有证据表明，RTCB能够将不同来源的RNA分子连接在一起，形成嵌合RNA。例如，在体外实验中，RTCB可以将U6 snRNA（一种参与剪接体功能的小核RNA）连接到L1反转录转座子或其他mRNA的5′-OH末端 ⁴⁰。这些嵌合RNA如果被反转录并整合到基因组中，就会形成新的假基因，可能对基因组的结构和表达产生深远影响。这一功能暗示RTCB可能在产生遗传新颖性方面扮演一定角色，其在疾病中的异常活动也可能通过产生异常的嵌合转录本而驱动病理过程。
作为通用RNA修复工具: RTCB独特的催化能力，即连接带有5′-OH和3′-P末端的RNA，使其成为一种理想的实验工具。研究人员已经开发出基于E. coli RtcB的“5′-OH末端克隆”技术，用于特异性地捕获和测序细胞内由各种核酸内切酶切割产生的5′-OH RNA片段 ⁸⁰。这项技术的成功应用，本身就反向证明了RTCB在处理断裂RNA方面的基础性作用，进一步巩固了其作为广谱RNA修复酶的身份。

tRNA-LC在应激下的动态调控

tRNA-LC的组成和调控并非静态，而是会根据细胞面临的特定应激类型进行动态重塑。

应对氧化应激: 如前所述，氧化还原酶PYROXD1是tRNA-LC在有氧环境下的关键保护者 ¹⁷。有趣的是，PYROXD1与RTCB的相互作用与RTCB的鸟苷酸化状态是互斥的。PYROXD1优先结合未鸟苷酸化（apo-RTCB）的RTCB，而一旦RTCB被鸟苷酸化（即与GMP共价连接），PYROXD1便会解离。同时，鸟苷酸化的RTCB本身对氧化失活的抵抗力也更强 ¹⁸。这表明在催化循环的不同阶段，RTCB的保护机制是不同的。此外，硫氧还蛋白（Thioredoxin, TRX）也被发现在UPR后期与氧化的RTCB相互作用，通过其氧化还原活性半胱氨酸对来还原并重新激活RTCB ¹⁷。
应对ER应激: c-Abl对RTCB的磷酸化是在ER应激条件下被诱导的 ¹⁹。这表明ER应激信号可以直接传递到ABL1-PTPN1-RTCB开关，从而动态调节UPR的输出。

这些证据共同描绘了一幅动态的图景：tRNA-LC能够感知不同类型的细胞应激（如氧化应激、ER应激），并通过改变自身的修饰状态（磷酸化）或与不同的调控蛋白（PYROXD1, TRX）相互作用，来调整其活性、底物特异性或稳定性，从而执行最适合当前细胞状态的功能。

未解之谜与未来研究方向

尽管对ABL1-PTPN1-RTCB信号轴的研究已取得长足进展，但仍有许多关键问题悬而未决，为未来的研究提供了广阔的空间。

鉴定新的RNA底物: 当前最紧迫的任务之一是鉴定出那些在神经元中被RTCB连接并抑制轴突再生的未知RNA底物。结合神经元特异性的RNA分离技术和5′-OH末端克隆测序技术 ⁸⁰，有望在轴突损伤模型中捕捉到这些关键分子。鉴定这些底物将是理解神经损伤和修复机制的重大突破。
解析磷酸化密码: 需要利用高分辨率的定量磷酸化蛋白质组学技术，系统地绘制在特定病理生理条件下（如TKI处理的CML LSCs、AD或PD患者的脑组织）RTCB及其复合物成员的磷酸化图谱 ⁸¹。这将有助于揭示不同磷酸化位点组合（即“磷酸化密码”）如何精细调控RTCB的功能，并可能直接解答CML悖论，以及阐明该信号轴在神经退行性疾病中的确切作用。
解决CML悖论: 需要直接研究PTPN1在CML LSCs中的表达、活性及其上游调控网络。BCR-ABL信号通路是否会通过某种机制（如抑制PTPN1的抑制剂）来上调PTPN1的活性，从而形成一个看似无效但实则维持了关键RTCB活性的“高磷酸化-高去磷酸化”循环？回答这个问题对于理解LSC的生存机制和开发新的联合治疗策略至关重要。
精准靶向治疗: 随着对该信号轴功能复杂性的深入理解，未来的治疗策略需要更加精准。例如，针对神经退行性疾病，开发能够特异性增强PTPN1对RTCB作用而不影响其对胰岛素受体作用的变构调节剂，或者开发能够选择性抑制c-Abl对RTCB磷酸化而不影响其其他功能的抑制剂，将是极具吸引力的方向。目前，针对PTPN1和c-Abl的抑制剂正在进行多种疾病的临床试验，这些研究将为靶向该轴的可行性提供宝贵数据 ⁴⁷。

结论与综合评述

ABL1-PTPN1-RTCB信号轴是一个在进化上高度保守、功能上极为多样的核心信号模块。它远远超出了其在非折叠蛋白反应中的经典角色，其影响渗透到神经生物学、肿瘤学和免疫学等多个关键生命领域。

本报告的综合分析揭示，该信号轴的核心是一个由可逆酪氨酸磷酸化调控的分子开关。RTCB的磷酸化状态成为一个关键的信号整合点，它能够将来自细胞激酶组（kinome）和磷酸酶组（phosphatome）的大量信息，转化为具体的RNA加工作用，从而决定细胞的命运。ABL1激酶和PTPN1磷酸酶作为这个开关的控制者，将来自细胞内外环境的应激信号（如生长因子、DNA损伤、氧化应激、蛋白质错误折叠）直接与细胞内最基本的分子机器之一——RNA连接酶的活性偶联起来。

该信号轴最引人注目的特征是其功能的情境依赖性。在不同的细胞类型和病理条件下，同一套分子元件可以被整合到不同的调控网络中，产生截然不同甚至完全相反的生物学后果。它可以促进细胞存活（如在UPR中产生XBP1s，或在CML中维持LSC的生存）；也可以触发细胞死亡（如通过激活RIDD）。它可以抑制组织修复（如抑制轴突再生）；也可以提供神经保护（如在PD模型中对抗蛋白质毒性）。它甚至可以被病原体利用来抑制宿主的免疫反应（如在IAV感染中）。

这种功能上的“双刃剑”特性，为我们理解细胞如何根据所面临挑战的性质做出精确的、适应性的反应提供了深刻的范例。它表明，细胞的生命决策并非由单一的线性通路决定，而是由多个信号模块动态整合的结果。

最终，ABL1-PTPN1-RTCB通路代表了一种重要的生物学调控范式：一个基础的、古老的酶促过程（RNA连接），如何通过被置于一个可逆的、动态的转录后修饰（磷酸化）的控制之下，来精心策划复杂的、适应性的乃至病理性的细胞命运决定。深入理解这一信号轴，不仅是理解某一个特定通路，更是理解细胞如何在生存与死亡、稳态与疾病之间做出抉择的根本性问题。未来的研究无疑将继续揭示这一迷人信号网络的更多秘密，并为治疗一系列重大人类疾病开辟新的道路。

引言