LINE-1 FISH with IF

Characterization of LINE-1 Ribonucleoprotein Particles | PLOS Genetics

没有通读这篇文章。

收藏的理由在于：

  1. 这篇文章将LINE-1 RNA的3’UTR偶联24个MS2 stem loop的串联重复，然后用带荧光的MS2-Cy3 probe对LINE-1 RNA做FISH，同时还做anti-TAP(偶联orf2p protein)的IF，其中的protocol值得借鉴。
  2. 文章提到，用实验证明了24个MS2 stem loops不会对LINE-1的转座效率产生影响，与我的课题相关。我只在LINE-1后面跟了4个MS2 stem loops，如果24个不会产生影响，那么大概率4个更不会影响LINE-1 function，同时，还因为缩短了RNA长度从而减少了鉴定到了LINE-1 RNA interacting proteins的背景。

我已经用RIP实验证明了，MCP-APEX2能够富集4x MS2。再加一个LINE-1 FISH with anti-V5(MCP-APEX2)的IF的共定位实验，能够更加充分。

也可以做一做这篇文献中提到的转座效率验证的实验，到时候放在supplementaries。