之前做RIP或ChIP建库都是为了方便Input混样到一组,Elute的每个replicate混样到一组。昨天碰巧每次子文库Qubit测出来都是大于1.5ng/μL,就问了一下测序公司能不能不混样了直接送测序,收到回复是”可以,但是可能样品不在一个lane上”。我顿时汗流浃背,这样的话,应该每个样品自己的input和elute混在一组,确保测序一致性。不应该是所有的input一组、elute一组。以后混样方式都要改正。
咱们组是没有收库检费用,混不混样是一个价格哈
噢噢 那我有33个样品能不能直接不混了,浓度都达标
不混样就每个都库检,单独上机,有可能33个样不在一条lane上
如果没有这个顾虑,那就单独送也行
2025.10.27 补充:最近一次实验RNA seq是这样分组的:
replicate 1与replicate 2均来自同一建库批次,但分别混样进两个上机池。

结果发现,不同lane确实带来一些整体偏差,乍一看,平行技术重复之间的差异都大过对照vs.处理了。

但是单独把DMSO的replicate 1和dTAG的replicate 1相比,把DMSO的replicate 2和dTAG的replicate 2相比,趋势又是一致的。

建议以后,如无必要,不要分文库,所有samples全pool到一个文库内。