RNA seq建库,片段分选步骤,第一步是15μL beads,结合;上清转移,加10μL beads,然后洗脱。

如红框所示,应该意思是“全部”上清(共65 μL)转移,但是这样就容易吸到beads,因为65 μL是包括了beads本身的15 μL体积的。有次师弟看到10 μL beads后边写的0.2X,觉得10 μL是0.2X的话,那全部上清不应该就是指50 μL吗?我听了觉得非常有道理,所以后来还专门把我的protocol这里改成了明确的“转移50 μL上清到新的离心管”。

然后就按照这个Protocol建库过很多次了。知道今天,看到我的胶图,我突然发现,这个文库分布仿佛是比别人的要小很多啊,峰值大概在290 bp附近,而理论上应该是350~450 bp才对。
一旦注意到这一点,原理很快就能想到了。beads是优先结合DNA大片段,第一步的15 μL beads是把不需要的过大的片段结合弃掉,第二步的10 μL beads是把需要的“中等”大小片段结合上保留,上清中留下的过小的片段弃掉。我减小了转移的“上清”体积,则beads相对体积变大,结合的片段更多,所以让峰值大小下移。谈不上师弟的提议的对错,毕竟之前转移全部上清的时候也没有思辨过“全部”到底是多少。

这样看,如果还想要保持文库大小在350~450bp之间,应该转移更多的上清, 但操作上,65 μL确实不可避免会吸到一些第一步的beads,所以可以转移60 μL。或者将第二步的beads从10 μL略微减小到8~9 μL(如果按65:10计算应该减小到7.69 μL beads)。
至于峰值过小的坏处:
