注：ELOF1出现在stitchR screen的suppressor，而NELF在activator
- 核心理论：动力学竞争模型 来自 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3254582/： “The competition between the transcription speed and rate constants for the transitions between the different nascent structures determines the RNA folding pathway and the end product of folding.” 翻译：转录速度与不同新生结构之间转换的速率常数的竞争，决定了RNA折叠途径和最终产物。
- 暂停对折叠的直接影响 来自 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36115451/： “Pausing events generate valid cotranscriptional conformational rearrangement to protect functional structures and influence the folding pathway.” 翻译：暂停事件产生有效的共转录构象重排，保护功能性结构并影响折叠途径。
- NusA加速核酶折叠的直接证据 来自 https://www.pnas.org/content/96/17/9545： “The presence of the elongation factor NusA accelerates more than 10-fold the transcription-initiated folding of a circularly permutated ribozyme by E. coli RNA polymerase.” 翻译：延伸因子NusA的存在使核酶的共转录折叠加速超过10倍。 这是最直接的证据！虽然是细菌系统，但原理相通。
- glmS核酶的共转录折叠 来自 https://academic.oup.com/nar/article/52/2/872/7449499： “Transcriptional pausing within P4.1 may increase correct folding of the core… Under co-transcriptional regulation, sequential folding allows around half of the transcripts to form the native structure after synthesis of the core, which results in early cleavage before the peripheral helices are fully transcribed.” 翻译：转录暂停可能增加核心的正确折叠…在共转录调控下，约一半的转录本在核心合成后形成天然结构，导致在外围螺旋完全转录之前就发生早期剪切。
- ELOF1促进延伸速率 来自 https://www.nature.com/articles/s41556-021-00692-z： “In line with reduced elongation rate, the overall nascent RNA synthesis was also reduced upon ELOF1 depletion.” 翻译：与延伸速率降低一致，ELOF1敲除后整体新生RNA合成也减少了。
综合解读
| 因子 | 对Pol II的影响 | 对核酶折叠的预测 | 在StitchR中的表型 | 是否符合？ |
|---|---|---|---|---|
| NELF | 促进暂停 | 暂停→更多时间折叠→有利 | Activator（敲除→GFP↓） | ✅ |
| ELOF1 | 促进延伸 | 快速→折叠时间不足→不利 | Suppressor（敲除→GFP↑） | ✅ |
我的结论更新
GPT的假说有文献支持，但需要nuance：
- ✅ 转录速率确实影响共转录RNA折叠——这有大量文献支持
- ✅ 暂停可以给核酶更多时间正确折叠——NusA加速核酶折叠10倍的数据很有说服力
- ⚠️ 但这是效率问题，不是绝对必要——转录完成后核酶仍然可以剪切，只是可能效率较低或产物分布不同 你之前的质疑仍然有道理：核酶在转录完成后也能工作。但文献表明，共转录折叠确实可以显著提高效率。 Sources:
- https://www.pnas.org/content/96/17/9545
- https://academic.oup.com/nar/article/52/2/872/7449499
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3254582/
- https://www.nature.com/articles/s41556-021-00692-z
End.