夜深了你还不想睡
2024.7.6
宝刀未老:
2024.7.9
Today's task:
- Read the three LINE-1 enhancer literatures
- Create a new page as "友人帐"
2024.7.10
Today's task:
- 提RNA做qPCR和RNA seq
- 跑流式
- 开RNAdamageRepair小组会
- 收N1 N2 C1 C6的CsmDR gRNA病毒
2024.7.11
Today's task:
- RNA建库做完
- 分析RIP-seq数据
- 送测序(Arp2/3-dTAG)
- PCR鉴定N-Arp2的sgRNA质粒,送测序
- 设计敲除HUSH complex的MPP8和TASOR的Cas9质粒
- 设计衣物索引表
晚上23:33记,我深感疲倦。今天的工作聊胜于无,但是非常累。下午六点多去睡了一会儿,睡醒快9点,来实验室就23:33了。中间还是被手机偷走了好多时间。我的精力不知道怎么回事,感觉有每天有精力干活的时间很短很短。可能是撸多了吧,还有作息实在不规律。我回去睡觉了。明天(每天)早上六点起床。
2024.7.12
参加组会时什么都不懂的耻辱让我对自己愤怒。
听到秀峰听孙雪妍讲文献时说到自己还查了文献附图里的igv。这是何等认真地对待一次普通的journal club呀。我好佩服。
2024.7.13
今天一整天又没去实验室,我仿佛已经烂到今天立志明天就摆的地步了。
老板周五问的问题,周日都没等到我的回复。
明天是搬家的ddl,现在我在实验室过夜,明天可能白天还能去补补觉,然后就是一直到8月22日都得在实验室睡觉了。
2024.7.14
今天搬完了宿舍,开始实验室全日制生活。下午想锻炼来着,发现胸和背都没恢复。今天是周日,没完成队长规定的一周三练的任务。
周四周五周六相当于都摆过去了。今天也没干太多活,不过还有3h才过24点。时间如流水,要抓住。
现在去处理细胞,一共有3种细胞:
- NCCIT WT,这个分4份,其中两份用来转染N-Arp3-dTAG和C-Arp3-dTAG。
- NCCIT PB-TetOn-Csm-T2A-GFP已经3次FACS富集的,这个传代到新的2个6-well孔,同时分出一小点加dox,明天测阳性率。
- K562 BFP-Cas9 这个换到新的两个孔的6-well孔里,然后12h后冻存一波。
热培养基的时候摇菌,准备明天提质粒:
- N-ACTR3-bac4, C-ACTR3-bac4
- sg-N-Arp2-bac4, sg-C-Arp2-bac1, sg-N-Arp3-bac1, sg-C-Arp3-bac1
- 祥鸿合成的XbaI-Flag-HA-stop-copGFP-PEST-XhoI
2024.7.15
2024.7.16
收到忧郁王子寄来的饼干,他说好吃,送我一份,我觉得一般。但很少有人送我东西,所以我觉得好。
2024.7.19
青蛙王子的黑话版:
有阳就有阴,有光就有影。有时候赞美也不一定是好事。当公主被众星捧月般夸赞美貌,会不会也有灰姑娘在角落暗暗埋怨命运的不公。
2024.7.20
我想问一下什么是“爱”呀?
因为我们都是本身内心有洞且不完美的动物,体会到爱就会产生依赖,感受到照顾就会想要索取,被信任了就会忍不住去控制。关系中不仅有爱,还有我们内心残缺的投射和种种不合理的期待。
“真实面对自己”——原来我的行为会产生这样的结果。原来我的意图和发心并不是一块简单松软的小蛋糕,而是一张抹了好几种馅料的千层饼。原来我在无形之中把自己套进了一个付出与索取的枷锁。原来那些我以为应该做的事本来不必做。原来我对你的爱藏着条件与期待。
当你无法如我所愿,满足我幻想中的回应,我还愿意去爱吗?
当你没有像我以为那样,参与我的游戏,回应我的表演,我还可以去欣赏你、尊重你吗?
我们可以把彼此当做「存在」本身去爱着,而不是自己的剧本里已经编写好的角色吗?
一起穿越过痛苦受伤恐惧脆弱的伙伴,在痛之中依然抓住彼此寻找出路和彼岸,真正看见了我们内心深处那牢牢束缚无法摆脱的锁链,从而产生爱、同情、慈悲、理解、接纳、放下、允许。
2024.7.21
细胞间备忘:
- K562 BFP-Cas9电转了PB-TetOn-Csm-T2A-tagBFP的换液到正常培养基,同时分出来一部分加dox;
- K562 BFP-Cas9没有电转的,也分出来一部分加dox,作为明天FACS的对照(因为加dox可能会有自发蓝光);
- 每孔NCCIT Csm-GFP感染500μL病毒。
2024.7.22
2024.7.23
又回到老宿舍楼前拉单杠,中途还遇到原舍友。你绝对难以想象今天能有多热,别说运动了,就站在那一会儿都受不了。我到后面实在受不了赤身裸体了。
2024.7.31
Hi,Long time no see. 今天的任务:
- 完成prolific账号的解封
- 发送新的第二批500份问卷,删除姓名、千人千面、时间胶囊、填写时长改为6min
- 晚上20点开RNAdamageRepair小组会,在那之前再分析分析LINE-1 RNA pull down的RIP-seq数据
- 通读一遍后天晚上要在组会上分享的改造R2 retrotransposons用于基因组整合的文章
- 细胞处理一下
2024.8.3
介绍每一届诺奖的领域 温度敏感突变体 有太多可以讲的东西了。
深夜在台灯下看老文献,(除了我嗦粉的声音)寂静无声,有种跟古人隔空对话的感觉。
2024.8.23
新宿舍环境非常不错,不枉我打一个多月地铺。除了双人室内有点挤。
2024.9.13
感谢小马哥帮我构建了一大批质粒,每个连接反应都仔细计算了片段比例,太有耐心了。
2024.9.18
又熬夜了,直接诱因是前一天睡得太早,晚上根本不困。搞了四五个小时网页实现音乐播放的代码,效果很满意,过程中感觉通义千问在写代码方面的能力比ChatGPT4o弱了不是一点儿,好在代码解释能力还行,这样看也算优点,能帮助我自己思考而不是直接改好代码。
早上六点睡到中午12点,艰难爬起来去实验室,因为我的样品还在接受65℃ ThermoMixer的炙烤,我带的师弟也约好了13:30来找我,而他15点就要走。不得不说有个人在旁边监工效率确实高,因为总不能对面坐着一个人还慢悠悠发呆。一个半小时火急火燎看完了10个克隆的的三批测序结果,设计了新的构建方案、买了引物、送了测序、摇了菌。
2024.9.19
因为昨天睡太少了,今天一下午没精神,双腿双脚都酸酸的,于是八点多不到就回去睡觉了。结果一觉醒来才0:33,完蛋。
果不其然,又在床上开始摸鱼(摸鱼成果在这里)。早上七点半左右到的实验室,这会儿已经开始困了,难道要恶性循环吗?9:50要去医学科学楼上免疫学课,上周我就听到一半开始困,还坐在第二排,不过下面学生一般都小我两届还不是一个学院,也没什么好社死的。依稀只记得上周讲了一大堆TLR4,恐怕一会儿又要重蹈覆辙。
突然发现这会儿也有一节嵌入式开发,忘去上了,赶紧猛蹬过去,迟到了十几分钟。当时正提质粒呢,加了E3直接扔离心机里,没拿出来人就走了。
根据需求分析形成“规格书”
系统性能评价方法:
- 总执行时间
- 算术平均(易受极大值影响)
- 调和平均(易受极小值影响)
算术平均和调和平均都可以引入权重。
区分:算术平均、调和平均、几何平均
归一化之后再计算总分时,往往采用几何平均,因为每个程序在归一化之后被乘的系数不同,而它不受参考对象的影响,对对象的优劣排名是固定的。
图形化规格描述语言StateCharts➡️程序规格描述语言SpecCharts
推荐阅读:Approaching the Asymptote? Evolution and Revolution in Immunology (Charlie Janeway). 提出了self / non-self model; 另一个著名的model是danger hypothesis (Polly Matzinge提出).
Immune system does not care about self and non-self, … danger …
Polly Matzinge
推荐阅读:Ruslan Medzhitov, ARI 2021
Inflammation is a double edged sword: Tissue damage炎症不足起不到host defense,炎症过度引起过度tissue damage,平衡掌握不好都会死。
Innate immunity
- Recruiting immune cells to sites of infection (through chemokine and chemokine receptors(mostly GPCR))
- Alerting and activating the adaptive immune system
- Eradicating pathogens by direct or indirect killing
- Restoring homeostasis after infection
被大家经常忽略的重要分子是Adhesion molecules,在immune cells出血管中起重要作用。
First responder通常是neutrophils, 之后是monocytes (分化成macrophage)
Neutrophil extracellular traps (NET)——杀敌一千,自损一千。
Main cytokines secreted by macrophage and DC: IL-1b, IL-6, TNF-a.
Inflammator complex切割pro-IL1b生成成熟的IL-1b.
好多钱呀,一年单药卖25billion USD。
推荐阅读:Stark & Darnell, Immunity. Discovery of Jak-STAT pathway.
IL-6激活C-reactive protein
IFN-y (Type II IFN) is the major endogenous macrophage activating factor. Th1 product.
Type I IFN的主要功能是anti-virus.
IL-10是抑制免疫反应的cytokine,下游信号是STAT3, 大家希望直接拿IL-10做免疫抑制药物,但是完全无效.
晚上看到阿里云栖大会上公布的通义灵码AI程序员,感觉好厉害,好优雅。越发觉得人生目的应该是在欣赏美的过程中创造美,而在别人的领域你很难创造出美,美妙的音乐、人性化的网页、好玩的游戏、精密的机器、精巧的程序、可爱的绘图、华丽的衣服、精致的妆容,总时不时被这些美打动。伴随着美好的东西越来越多,创造美的门槛降低了,但创造出更极致的美的竞争提高了。很难用区区副业/爱好的时间投入创造出别人领域里登峰造极的美。对于我来说,发表优雅的科研工作就是我创造的美。因此应当努力。
2024.9.20
昨天晚上七点半才上班,师弟来加了个PCR就走了,因为程序要两个半小时。我做到晚上2点左右,因为睡了一下午(六个多小时),所以其实想在干会儿活再回去睡觉的。但还是怕陷入白天睡觉晚上没精神的恶性循环,于是还是回去了。不幸的是又带手机回去了,玩了三个小时,然后5点睡到中午12点。赶去下午14点的小组会,又忘记带电脑了,让lhy帮我放了ppt。日理万机的老板姗姗来迟,我汇报过两次的data他竟然没印象,当然也可以充分理解……
YL问我要我的MCP-MS2细胞系,想做L1损伤时的APEX2-labeling,我觉得他好厉害,跟原来相比变化好大。
晚上教师弟设计了一下引物,老板出差连续两周没组会。(有人帮忙打工的感觉好爽啊)
留下师弟设计引物我就回宿舍了,下午复苏了细胞,还没有很着急的实验。冲动消费在GoodLivable买了好多几件衣服。
2024.9.21
一睁眼发现把早课翘了,乐。然后想要不直接退了吧,结果退课时间已经结束了,悲。
2024.9.22
昨晚修了修Beautiful的页面,加了歌词海报。有两个小时时间浪费在一句url()里面没有用双引号。哭死。其实跟做实验也挺像的,绊倒你的大概率是一些上不了台面的小问题,但得用很多很多经验(消耗在试错上的时间)去让这些小问题成为下意识会避免的点。
今天的任务:
- 下载RIP-seq数据,查明index错误的点在哪;10min
- 查看细胞状态,如果需要处理一下细胞;20~40min
- 提瞬转pDAC627的RNA,与之前冻冰箱很久的RNA一起
(可能需要重新养细胞了,从来没用过冻这么久的RNA)建库至少做到二链合成;5hrs - 查看一代测序结果,根据需要摇菌;10min
- 把之前的2管质粒提了;40min
- 设计构建separate promoter和stop-GFP质粒的引物;1hr
今天的时间规划
高效安排,轻松应对!
上午
- 10:00 - 10:10:下载RIP-seq数据,查明index错误的点。
- 10:10 - 10:30:查看细胞状态,如果需要处理一下细胞。
-
10:30 - 15:30:提瞬转pDAC627的RNA,并进行建库直到完成。利用等待时间:
- 查看一代测序结果,根据需要摇菌(10分钟)。
- 把之前的2管质粒提了(40分钟)。
- 设计构建separate promoter和stop-GFP质粒的引物(1小时)。
- 梳理提RNA和建库的Protocol(大约30-60分钟)。
午餐及休息
- 12:30 - 13:00:短暂午餐及休息(30分钟)。
下午
- 15:30 - 17:00:2小时不受打扰的读文献时间。
下班后
- 17:00 - 18:30:健身(1.5小时)。
- 18:30 - 晚上剩余时间:自由安排。
完成情况:index错误点差了一半;没设计引物;没读文献;没运动。本来预计15:30完成的工作一直到19:30才完成。实际从提RNA做rRNA depletion RNA seq建库做到二链合成用时8h,以后可以参考。还忘记写workreport了,今天是周日。不过我实在太困了,下午差点加错样,然后晚上蹲坑的时候又差点睡着。我打算睡醒再做今天没完成的三项:
- 写workreport
- 读文献
- 运动
赶在9:50上免疫学课前还要去实验室把今晚摇的菌拿出来,同时看看细胞。今天铺的hela很密,应该明天就能转染了。已经因为处理不及时导致细胞confluency过密多次了,吸取教训。懒一下下往往耽误很多很多天的时间。
2024.9.23
果然醒的不晚。今天的安排:
完成workreport
时间: 05:30 - 05:50
晨练
时间: 05:55 - 07:25
椭圆机30min,冲肩20min,俯卧撑10min
末端修复和接头连接
时间: 07:30 - 09:30
基础免疫学课程
时间: 09:35 - 12:15
午餐与休息
时间: 12:15 - 13:00
转染Hela细胞
时间: 13:00 - 13:30
设计Stop-GFP质粒的构建引物
时间: 13:35 - 14:05
提质粒
时间: 14:10 - 14:40
片段分选、PCR文库扩增等
时间: 14:45 - 18:45
index问题分析
时间: 18:45 - 19:15
阅读文献
时间: 19:20 - 21:20
今天的运动
时间: 21:25 - 22:25
今天的免疫学课笔记:主题——Natural Killer Cells; 老师:董忠军
Introduction
Natural Killer Cell中的Natural值的是它属于先天免疫系统,反应迅速,不具有记忆性,不具有抗原特异性。
NK细胞的争议性话题——是否有memory-like特性
Lecture Content
- 发现、发育、分化、分布
- 活化(不同区域)
- 耐受(指的是不攻击host自身的状态)
- 记忆
- 应用于治疗
发现
1975年,Cr51研究CTL cytotoxicity.
CTL和target cell通过MHC-I和TCR-antigen相互识别。通过检测上清液中同位素Cr51的含量判断cytotoxicity,做实验时由于条件受限用的是一些淋巴细胞的混合物(而非纯净的CTL细胞),发现除了antigen-dependent killing还存在antigen-independent killing(不加antigen时也有杀伤效果,只是效果低于加antigen后),这个现象是在小鼠细胞中做的。被报道出来后,在人中也观察到包含很多颗粒(granule)的淋巴细胞。
发育
NK细胞和T cell, B cell来自同一个祖先,都属于淋巴系(其他免疫细胞来自髓系)。
典型的marker是CD122(commitment lineage marker)
CD122: IL2/IL-15 receptor
4-stage program of NK cell differentiation
决定NK cell分化的Transcription Factor: KLF12
master transcription factor: E4BP4
耐受
母胎耐受,无CD16,NK activity low。
活化
- Priming: cytokines TypeI-IFN
- Recognition: receptors; MHC-I传递抑制性信号(抑制自我杀伤)
- Effector: FasL-Fas, Performin, Granzymes; IFN-y, TNF-a, Chemokines(GM-CSF);ADCC
所以不匹配的MHC(如器官移植)会被NK cell攻击
NK cell两种活化方式:
- missing-self(MHC缺失) 1986Nature “Selective…”; 1989 Science
- induced-self(receptor表达过高)
推荐阅读:1986Nature “Selective…” 非常开创性的工作和大胆的想法。“大胆”是因为MHC-I对于激活T cell是必须的,而这里提出它只有缺失才会激活NK cell.
除MHC-I外,还有一些其他(不如MHC-I重要的)inhibitory receptor
Pathogen或者tumor可能会down-regulated MHC-I来逃避T cell,然而逃的了T cell,逃不过NK cell.
对于NK cell的激活性受体,非常多种类:
- NKG2D
- Slam family
耐受
方式一是自身细胞普遍有大量MHC-I
- NK cell education | 类比T cell selection
- NK cell licensing | 类比positive selection
- NK cell tuning | 类比negative selection
方式二:hypo MHC-I
From”missing-self” recognition to “NK cell licensing”
现象:MHC-I deficient mice中的NK cell不但没有增强,反而失活了。
所以在效应阶段之前,接触MHC-I越多越好,效应阶段,接触MHC-I越少越好,这样才能得到最高的NK activity. 这个过程叫”NK cell education”. 这个过程跟TCR在T cell selection过程中的作用类似,大道至简。
实际完成情况,基本一整天都在做建库,耗时又比预期长很多。甚至到 19:00都没做完(还差混样),中间是加了一次cycles,基本没停。这样一看从接头连接到qubit定量一共需要13:30~19:00=5.5h,加上早上的二链产物回收和末端修复的8:00~9:30一共是7h。所以可以得到一个时间参考:
rRNA depletion RNA seq建库,一阶段(从提RNA到二链合成)需要约8hrs,二阶段(从二链产物回收到qubit定量)需要约7hrs
还发现UDI-primer-100, 107, 120这3个index primer很容易形成引物二聚体,导致PCR产物浓度极低。
然后Hela直到晚上才转染,早上7点去看了一次,竟然已经爆满了,传了1:5,晚上23点看又已经完全贴壁了,这细胞状态真的绝。
所以今天又没看文献和运动,而且怎么现在就已经凌晨1点了。。。。
2024.9.24
今天的任务:
- HNRNPU的C端HA-GFP的质粒再挑24个菌液,菌P
- 上午12:00给昨晚转染的hela换液
- 上午12:00开始做N8, C4, C19的ChIP,上午准备ChIP的Buffer
- 晚上师弟要来做N端tag质粒构建
- Arp3-dTAG rdRNAseq和pDAC627瞬转HEK293T的rdRNAseq送测,之前的RIP-seq需要加测的样品重新送一批
- 设计stop-GFP的引物(昨天又没顾上)
2024.9.26
对”拖延症患者需要管理的是情绪而不是时间“这句话更加认同了。
大前天建库本来预计可以17:30前送样出去的,结果建库做到八点多,这时候有点困了(早上五点多就醒了),然后去快递柜拿了前几天买的秋天的衣服,回宿舍试了试,顺势睡了一会儿。但是我的准备做ChIP的细胞今天必须加药了(不然又会因为拖延导致细胞过密),于是强忍不适爬起来去实验室。加完药还给hela穿了个代。这时候大概0点多一点儿,按理说改回去继续睡觉了。但突然就控制不住开始想颓,在实验室看了三个多小时的Stable Diffusion绘图教程。回宿舍回忆到一些不开心又开始刷手机,于是作息成功在一天内调整回昼伏夜出。
同时因为白天没有正常起床本来加12h dTAG变成24h了,还好看了细胞confluence刚刚好。如果晚上不颓就是白天开始ChIP完美正常作息。
然后昨天和今天都是美国作息……还发现index 100,107,120每次都引物二聚体高,YL看了一下也是,果然记录一些“没必要”记录的东西也许有意想不到的发现。
今天更加艰难,昨晚起床了(给某人送了帮取的快递后)来做ChIP-Day2. 夜深人静时捉摸不透protocol里的Dynabeads是每个replicate加50ul还是两个replicate一共加50ul。一筹莫展时阿兰突然出现(阿兰这个时间在实验室全年应该超不过5天,所以我觉得这是天意)让我抓住救命稻草。中间孵育4h的过程中把NAS里的陈年protocol加上我的注释改成了网页版本。VSCode里有个通义灵码插件挺好用的,但中间好几次还是没ChatGPT靠谱。10%NP-40太难溶解了,感觉配这个就等让它转1个小时。刚做上Elute那一步就7:40了,八点要上嵌入式开发。十点免疫学,但是十点半就得回去处理细胞做流式了。做完得12点多,然后晚上23点得来做ChIP-Day3,明天又是昼伏夜出的一天^_^
自动化软硬件协同设计 开销函数 (ppt第24页和第52-53页考试必考)利用优化算法计算开销函数的最大值或最小值(爬山问题):禁忌搜索算法、遗传算法、蚁群算法、模拟退火算法、表调度算法。
……绝了,课间嵌入式老师突然问我”同学你昨天晚上几点睡的?“给我问懵了,愣了两秒我说”我昨晚没睡,您是想问一般几点睡还是昨晚几点睡?“显然他也被我的回答整懵了。我说”您是看我比较困所以这么问吗?”他说不是,是看旁边同学趴着睡觉所以随便问问(我坐得离他最近)。然后他开始回忆那些年熬夜干活儿的青葱岁月并对我的年轻表示羡慕。
禁忌搜索算法
1. 什么是禁忌搜索算法?
禁忌搜索算法(Tabu Search, TS)是一种用于解决组合优化问题的元启发式算法。它的核心是通过“禁忌表”来避免重复搜索相同的解,从而跳出局部最优解,寻找更好的解。
2. 物流配送问题
物流配送问题的目标是找到一条或多条配送路线,使得总的配送距离或时间最短。例如,给定仓库和多个客户的位置,如何规划配送路线。
3. 禁忌搜索算法的应用实例
假设我们要为5个客户(A, B, C, D, E)规划配送路线:
- 初始化:
- 选择一个初始解,例如 [A, B, C, D, E]。
- 定义邻域结构:
- 通过交换两个客户的位置来生成新的解。例如,交换 B 和 D 的位置会生成 [A, D, C, B, E]。
- 选择新解:
- 计算每种邻域解的总配送距离,并选择距离最短的解。假设 [B, A, C, D, E] 的总配送距离最短,并且不在禁忌表中,那么我们选择它作为新的当前解。
- 更新禁忌表:
- 将交换 A 和 B 的位置这一操作加入禁忌表,并设置一个禁忌期限(例如,接下来的5次迭代)。
- 特赦
- 如果某个被禁忌的操作能够产生一个显著优于当前最佳解的新解,则可以忽略禁忌表的限制,接受这个新解。这称为“特赦”。
- 终止条件:
- 算法在达到最大迭代次数或没有改进的解经过若干步后停止。
4. 禁忌搜索算法的优势与劣势
优势:
- 避免局部最优:通过禁忌机制,算法可以跳出局部最优解。
- 灵活性:可以与其他启发式算法结合使用。
- 适用范围广:适用于多种优化问题。
劣势:
- 参数设置困难:禁忌表的长度和期限需要仔细调整。
- 计算复杂度高:对于大规模问题,需要评估大量邻域解。
- 收敛速度较慢:相对于其他算法,收敛速度可能较慢。
- 依赖初始解:初始解的选择对最终解的质量有很大影响。(可能陷入局部最优解)
可以通过“并行”来提高收敛速度。
通过这个简洁的学习笔记,你可以快速理解如何在物流配送问题中应用禁忌搜索算法,以及它的优势和劣势。希望这对你有所帮助!
通义千问
2024.9.28
今天帮远在复旦的傲娇公主隔空递简历。原来他的简历也深藏不漏,上面有很多闪光点,从来没跟我炫过。另一方面,又觉得每个人好像都能拿出来一堆什么绩点、实习、某某协会主席、某某大赛金奖之类的东西,一看自己的简历,也没当时那么自信和骄傲了。
2024.9.30
TCR and BCR, Co-stimulatory/inhibitory receptors, Cytokine receptor signaling, signal transduction, signal molecules as drugs
Hedrick, Nature 1984. Isolation of cDNA clones encoding T cell-specific membrane-associated proteins. //和另外一篇back to back.
提取Tcell 和Bcell的RNA,把Tcell反转的cDNA跟Bcell的RNA杂交,没有杂交上的就是T cell specific的。// 妙啊妙呀
- TCRa: V, J segment
- TCRb: V, D, J segment
TCRa(T-cell receptor alpha)和 TCRb(T-cell receptor beta)是T细胞受体(T-cell receptor, TCR)的两个主要亚单位。T细胞受体位于T淋巴细胞表面,负责识别由主要组织相容性复合体(MHC)呈递的抗原肽。TCRa 和 TCRb 通常形成一个异二聚体结构,即一个 TCRa 蛋白质与一个 TCRb 蛋白质配对在一起,共同作用以识别特定的抗原。
- TCRa:TCRa 链是由基因重组产生的多样性部分之一,它与 TCRb 链一起形成 T 细胞受体。TCRa 的多样性来源于 V(可变区)、J(连接区)基因片段的组合以及在基因重组过程中的随机核苷酸插入或删除(N-区域多样性)。这种多样性使得 T 细胞能够识别多种不同的抗原。
- TCRb:TCRb 链同样通过 VDJ 基因重排产生,其中包含了 V(可变区)、D(多样性区)、J(连接区)基因片段。TCRb 也是 TCR 复合物多样性的主要贡献者之一。
这两个链的组合使得 T 细胞受体具有高度特异性,能够识别并结合到特定的抗原-MHC 复合物上。这种特异性识别是免疫系统识别并清除感染或癌变细胞的关键机制。
在某些类型的 T 细胞中,如 γδ T 细胞,它们使用替代的 γ 和 δ 链而不是 α 和 β 链来形成其受体。然而,大多数 T 细胞依赖于 αβ TCR 来执行其功能。
发现TCR之后,通过 IP-Edman降解 又鉴定到CD3.
CD4 and CD8 antigens are coupled to a protein-tyrosine kinase(p56lck) that phosphorylates the CD3 complex.
通过EMS诱变,发现个别细胞的钙离子flux缺陷。通过WB对比发现缺失了ZAP-70蛋白。(CD3 Zeta chain associated protein)
Isolation and Characterization of a T-lymphocyte somatic mutant with altered signal transduction by the antigen receptor.
ZAP-70: A 70 kd protein-tyrosine kinase that associated with the TCR Zeta chain.
Src family kinase Lck is the key regulator for the activation of TCR signal. That’s why we call CD4 and CD8 the “Co-receptor” and TCR.
Lck phosporylates the ITAMs in the TCR upon co-receptor engagement with antigen:MHC.
ZAP-70 is recruited by tandem SH2 domains to the ITAMs and is phosphorylated by Lck.
Identification of LAT as a key adaptor protein in TCR signaling pathway.
Ca2+; NFACT; OralI; Diacylglycerol (DAG)
CD28 co-stimulation enhances the sensitivity of TCR.
co-stimulatory receptors有很多种,分促进和抑制两种,CD28就属于促进型的,CTLA-4和PD-1是抑制型的。
1. TCR and BCR Overview
- TCR (T-cell receptor) and BCR (B-cell receptor) are critical in the adaptive immune response. These receptors are located on the surface of T cells and B cells, respectively, and are responsible for recognizing specific antigens.
- TCR: Recognizes antigenic peptides presented by MHC molecules on antigen-presenting cells.
- BCR: Recognizes free antigens and can directly bind to pathogens.
2. Co-stimulatory and Inhibitory Receptors
- T cells and B cells require co-stimulatory signals in addition to antigen recognition to become fully activated.
- Co-stimulatory receptors (e.g., CD28) enhance immune responses.
- Inhibitory receptors (e.g., CTLA-4, PD-1) downregulate immune responses to maintain self-tolerance and prevent autoimmunity.
3. Cytokine Receptor Signaling
- Cytokines are signaling proteins that modulate immune responses by binding to cytokine receptors on immune cells.
- Cytokine receptor engagement leads to signal transduction pathways that influence cell survival, proliferation, differentiation, and effector functions.
4. Signal Transduction in T Cells
- Signal transduction is the process by which a signal on the cell surface is converted into a specific cellular response.
- TCR engagement triggers intracellular signaling cascades that lead to T cell activation, proliferation, and differentiation.
- Key molecules involved in TCR signaling include:
- Src family kinases (e.g., Lck)
- ZAP-70
- LAT (Linker for Activation of T cells)
- Ca2+ signaling
- NFACT (Nuclear Factor of Activated T cells)
- OralI
- Diacylglycerol (DAG)
5. TCR Structure and Function
- The TCR is composed of two main chains, TCRα and TCRβ, which together form a heterodimer and recognize antigenic peptides presented by MHC molecules. 5.1 TCRα
5.2 TCRβ
- Formed by recombination of V (variable) and J (joining) gene segments.
- The diversity of the TCRα chain is enhanced by N-region diversity (random nucleotide insertions or deletions during gene recombination).
Together, these chains provide the specificity required for the TCR to recognize a vast array of antigen–MHC complexes, which is crucial for immune surveillance.
- Formed by recombination of V, D (diversity), and J gene segments.
- Plays a critical role in TCR diversity and antigen recognition.
- γδ T Cells: A subset of T cells that express γ and δ chains instead of the traditional αβ chains, recognizing non-peptide antigens.
6. Discovery and Characterization of TCR
- Hedrick et al., Nature (1984): Pioneering study on the isolation of cDNA clones encoding T cell-specific membrane proteins.
- Method: Extracted RNA from T cells and B cells, hybridized T-cell cDNA with B-cell RNA. Non-hybridizing sequences were identified as T-cell specific.
- This discovery was a major breakthrough in understanding TCR specificity.
7. CD3 and Co-receptor Complex
- TCR/CD3 Complex: After the discovery of the TCR, CD3 proteins were identified via IP-Edman degradation.
- CD4 and CD8 are critical co-receptors in T cell activation:
- They are coupled to the Src family kinase Lck, which phosphorylates the CD3 complex and initiates downstream signaling.
- Lck is essential for the phosphorylation of ITAMs (Immunoreceptor Tyrosine-based Activation Motifs) in the TCR complex.
8. ZAP-70 and Signal Transduction
- ZAP-70 (Zeta-chain-associated protein kinase 70):
- Identified through a study on a mutant T-cell line with defective calcium flux, which lacked ZAP-70 as shown by Western blot analysis.
- ZAP-70 is a protein tyrosine kinase that plays a crucial role in TCR signal transduction. It is recruited to phosphorylated ITAMs by its tandem SH2 domains and is activated by Lck.
- ZAP-70 Function:
- ZAP-70 is essential for the propagation of the TCR signal by phosphorylating downstream adaptor proteins such as LAT.
9. Key Molecules in TCR Signaling
- Lck (Src Family Kinase):
- A critical regulator of TCR signaling.
- Upon TCR engagement, Lck phosphorylates the ITAMs in the CD3 complex, which recruits ZAP-70 and initiates downstream signaling pathways.
- LAT (Linker for Activation of T cells):
- A key adaptor protein in the TCR signaling pathway. LAT is phosphorylated by ZAP-70 and serves as a scaffold for the recruitment of other signaling molecules.
- Calcium (Ca2+) Signaling:
- Ca2+ influx is a crucial second messenger in TCR signaling, leading to the activation of transcription factors like NFAT (Nuclear Factor of Activated T cells).
- Diacylglycerol (DAG):
- A lipid-derived second messenger that activates downstream pathways such as the Protein Kinase C (PKC) pathway, which is involved in T cell activation.
10. Signal Molecules as Drugs
- Small molecules targeting these signaling pathways offer potential therapeutic strategies for modulating immune responses. For example:
- Kinase inhibitors targeting Lck or ZAP-70 can modulate T cell activation in autoimmune diseases or transplant rejection.
- Cytokine inhibitors can be used to dampen excessive immune responses in conditions like cytokine storm or chronic inflammation.
This note provides a structured overview of TCR signaling, its components, and the key discoveries that shaped our understanding of T-cell functionality.
ChatGPT总结
Cytokine和Cytokine receptor数量很多,它的signaling pathway很短,如cytokine➡️JAK➡️STAT;而TCR接收到的antigen信号很小,所以在signaling pathway中存在信号的指数放大。
Cyclosporin A作为器官移植时的免疫抑制剂。
环孢素A (Cyclosporine A, CsA) 是一种强力的免疫抑制剂,其作用机制主要涉及对T淋巴细胞活性的抑制。以下是更详细的机制描述:
- 与细胞内受体结合:
- 环孢素A进入细胞后,主要与一种细胞内的蛋白质——环孢素结合蛋白(CyP-18,也称为CyPA)结合。这一结合步骤对后续的作用是必需的。
- 影响钙调神经磷酸酶 (Calcineurin) 活性:
- 形成的环孢素A-CyPA复合物会与钙调神经磷酸酶(Calcineurin)结合并抑制其活性。Calcineurin是一种重要的钙依赖性磷酸酶,参与多种细胞信号传导过程。
- 抑制NFAT核转位:
- 在T细胞活化过程中,Calcineurin通过去磷酸化NFAT(核因子激活T细胞)蛋白使其从细胞质移至细胞核内,从而促进NFAT与DNA结合并启动基因转录,尤其是IL-2(白细胞介素-2)的基因表达。环孢素A通过抑制Calcineurin,阻止NFAT的核转位,从而抑制IL-2和其他细胞因子的生产。
- 抑制T细胞增殖:
- IL-2是T细胞增殖所必需的,环孢素A通过抑制IL-2的产生,从而减少了T细胞的增殖,达到免疫抑制的效果。
由于环孢素A的这些作用机制,它在临床上被用来预防器官移植后的排斥反应,并用于治疗某些自身免疫性疾病,如类风湿关节炎、牛皮癣等。
值得注意的是,环孢素A的使用需谨慎,因为它可能会导致一系列副作用,包括但不限于肾毒性、高血压、多毛症等。因此,使用时应密切监测患者的健康状态,并根据个体情况进行剂量调整。
tongyi
2018 nobel prize. Block PD-1/PD-L1就解除了它对T cell信号的抑制,从而增强T cell活性。
CAR-T (chimeric antigen receptor - T),第一代TAR-T, Zeta chain, 1989, Zelig Eshhar;第二代TAR-R, 2012, Carl June
绝了,本来打算今天送出去测序的,拿出来加接头前发现6个input体积参差不齐的。量了一下体积发现只加了用于稀释的水没加dna,好险。
2024.10.1
今天的任务:
- 鉴定HNRNPU-C端质粒
- 设计stopGFP引物
- 转染C端9个质粒
- Arp3第一波ChIP建库做完,送测
- Arp3第二批ChIP开始做Day1
- N端10个质粒挑菌测序
终于知道配胶前洗胶板的意义了……
下午做DNA建库用的RNA建库的PCR程序,好几个小时白做,哭。
擦着关门的尾巴和Alan和李想去综体练了一会胸和肩。
2024.10.2
Today's Task:
- 先给NCCIT换液,换液后立刻提质粒(C端的9个+Piggybac Helper Plasmid),
- 提PiggyBac质粒,跟之前的三管对照跑胶,看看是否需要以后每次转染都重新提质粒
- 做ChIP-Day2,最晚9点开始;
- 12点前转染9孔NCCIT(这次得BSD药杀了,因为假期流式公共平台都放假了)
- 检查之前的hela转染结果
- 回收第一批的ChIP,送测。
晚上去打舵了,然后去吃了很辣的菜。昶哥是真社牛,Carry全场,服务员看起来是至少五十岁的阿姨,他极其自然的用“美女”来称呼。青青由会长荣升队长了,情报工作做得太好了,知道我的好多事情,我博资考挂掉和腰间盘突出甚至在实验室睡了一个月这种事竟然已经传播到北大了。她还问我是不是很久没更新thudbt网站了。队里的新人有一个马来西亚人和一个新加坡人,男靓女帅。北大的新同学ziyu也很好看,据说是厦大龙舟队来读研的,说要入伙昶哥的ESG咨询公司(我前段时间还想申请个公司只是玩一玩,身边有同学已经真刀真枪开始干了,好佩服)。
2024.10.3
晚上和Sun.去北体练了腿,我的腰伤带来的影响好像彻底恢复了,最严重那会蹲40kg都疼,这次90kg都没感觉。去青艺发艺剪了个头发,感觉理发师水平很高,人说话也很好听。感觉自己在头发很久没理一堆杂毛的情况下无论下多大功夫抓头发效果都没去理个发强。保持美丽还是得三周一次,就算想蓄发也得修一修边角(这次至少2个月没去了)。
师弟给我带了他爸妈拿的带鱼,晚上做了10个平板的菌p,不过有一半没条带。给他分了一点细胞先练练细胞培养基础操作。
2024.10.5
昨天和今天都什么正事都没干,算放国庆假了吧。最近我的作息可能是十年来最健康的一次,每次都十二点前上床睡觉,第二天4~9点区间内自然醒。以至于我白天稍微有点累的时候都不敢回宿舍睡一会儿,午觉都不敢,因为怕破坏了这个作息周期。我发现按时睡觉的精髓就在于感受到困意就立刻躺下闭眼睡,困意稍纵即逝,通宵和熬夜就来了。
这两天在MC里建了猪灵交易所(其实只有单片),带回基地并繁殖了几只海龟,找到掠夺者前哨站并在基地打了好几波袭击,还把全套盔甲和装备锻造上了下界合金(用床和TNT炸了好久才凑齐远古残骸)。还发现了蘑菇岛,然后从周围的海底沉船中发现了洋流纹饰的锻造模板;然后下界合金升级的锻造模板是刷了两个下界堡垒找到的。
实验方面真的啥都没干,Arp3-dTAG的N3和N5号单克隆的ChIP做到Day4醇沉就没有往下了,N3, N5, N8, C4, C19的同批细胞泡在TRIzol里也还没提RNA。师弟前天构建的那几个菌液也没送测序或者再继续挑菌。C端的10个LINE-1 interacting proteins的NCCIT稳转细胞用2μg/mL的Blasticidin药杀,加药的时候是爆满的,24h后发现不管是实验组还是WT对照都有大概1/3贴壁(还未表现出差异),培养基已经黄了,于是换液到新的2μg/mL Blasticidin。今天就48h了,不过下班前忘记去细胞间查看药杀效果了。
晚上跟Alan去北体,偶遇Lanford,练了背;昨天是跟人民富豪和嵩练卧推、双杠臂屈伸和仰卧起坐;前天是跟Sun练腿和引体.
我跟老板说周日交Proposal来着,不过还没怎么搞。
2024.10.6
今天直接睡到11点才醒,离谱啊,记得是0:27躺下的,睡了10.5h,可是昨天只是打游戏+健身,难道放假比工作更消耗精力吗?
Today's Task:
- 修改Proposal
- 增加ACTR3的RIP-seq和RNA-seq数据
- 增加nuclear actin的成像图片
- 修改Preliminary Results部分的结构,重点转移到Nuclear Actins.
- Research Plan部分结构重写,不以Aim123的顺序组织。
- 细胞间查看药杀结果
- 继续N端质粒构建
- 问光老师要hela Cas9 reporter cell line
- 问浩源ACTR3单克隆的RIP-seq, RNA-seq, PDAC627瞬转293T的RNA seq的分析结果
- 晚上跟Sun.去北体
- 查看邮件N8, C4, C19的ChIP-seq结果
- 开始N3, N5醇沉后的ChIP-seq建库
2024.10.7
2024.10.8
又颓了一天,老板说我的proposal还得改。早上在卫生间摔了一跤,指甲快磕断了,怒扔陪了我五六年的底都被磨平了的拖鞋。
今天还有个大事是2024生物诺奖,颁给了miRNA的发现,在B站看到几个老师的讲评很有趣。2006年的诺奖是RNAi,这是基于miRNA的机制开发的工具。今年的奖给了miRNA这种生物学现象本身。最初是在C.elegans中鉴定到一段20多nt的RNA Lin-4能够通过序列互补结合在mRNA Lin-14的3'UTR处抑制它的翻译,由于lin-4并不在哺乳动物中保守,这个发现并未引起风浪。直到2000年发现在不同物种间非常保守的miRNA let-4,miRNA领域开始火热,现在在人类中发现的miRNA大概有1000种。miRNA和mRNA之间的调控关系是多对多的,即一种miRNA可能调控多种mRNA,一中mRNA也可能被多种miRNA调控,形成网络。
我隐约记得我在孙宝发老师那儿做毕设的时候讲过一篇文献就是讲的ceRNA (competing endogenous RNA) network. 大意就是因为一种miRNA可以结合多种mRNA,比如基因A和基因B,那么基因A和基因B的mRNA就会对miRNA的结合产生竞争关系,从而彼此相互调控。
令我印象深刻的是复旦于文强老师提到的,通常在论文中涉及miRNA的研究者都先入为主的找到一些被miRNA抑制的基因讲一个故事草草结束,而对那些同样由于该miRNA表达被激活的基因视而不见。他的研究工作认为,miRNA除了经典的在细胞质中结合mRNA的3'UTR抑制蛋白翻译之外;还有广泛存在于细胞核的miRNA,它们中很大一部分在基因组上的定位跟enhancer重合,可能通过激活enhancer来增强特定基因表达。这两部分机制结合起来,可能共同参与不同细胞类型之间的细胞身份转换。
李鑫老师还提到piRNA的主要功能是在生殖细胞中抑制transposon的表达。还邀请了我去年上的RNA生物学的负责老师戚益军,他主要研究植物中的小RNA.
2024.10.10
但我竟然如此想,人性啊,真心啊,果然只有一次。也是戴着镣铐跳舞。
2024.10.17
我发现如果让人表达ta的价值观,ta往往脱口而出的实际上是荣辱观,即ta理想中“正确”的价值观,而ta实际的价值观呢,往往只有真遇上事儿了才能体现。ta本人在事情未发生之前也并不一定知道自己会怎么做。因此,想要知道自己价值观的方法不止是思考,还需要观察。不是你认为应该勤奋,你就拥有了勤奋的价值观;不是你认为应该平等待人,你就拥有了平等待人的价值观。大多数人都认为平等是美德,但脱去社交评价能发自内心尊重每个人的,也许不多。很可能,在“观察”之后不得不承认,自己的价值观其实是看人下菜碟。
我依然认为这种虚伪意义重大,至少“错”的人知道自己这样做不好,会藏着掖着,好过遮羞布都扯掉。
2024.10.18
这两天的睡觉状态简直离谱。大前天通宵做了个RIP,于是白天睡了一天,然后晚上为了不恶性循环还是回去继续睡觉,凌晨四点就睡饱了,于是开始看小说,这一行为导致从“睡眠充分”直接变成“睡眠不足”。昨天一整个白天都非常困,趴在工位上睡了好久。虽然疲惫,但晚上回去从24点睡到4点就醒了,本来想继续睡到八九点也改睡饱了,结果再一睁眼就到了下午14点。这样一算睡了十几个小时。睡前肚子饿到疼痛难忍来着,睡醒了又没有空腹感了。
2024.10.19
老干部不腐败很难呀,在全体大会上听你们夸我很难不躺在功劳簿上享受。
2024.10.24
最近实验室来了“成吨”的本科生。我带俩(还有一个带了一天被吓跑的一轮轮转研一同学),最初还怕清华本科的天之骄子来了比我还会,十分惶恐。后来发现跟我本科时的水平也不是差太多。毛师兄和马老师带我做实验的日子历历在目,转眼我就从徒弟变师傅了。当师傅比较考验耐心,但教会了也能体会资本家的快感,当师傅这件事本身也自带装逼属性,师弟总是弱势一方,大体上对师兄还是毕恭毕敬的,于是我时刻提醒自己不要礼贤下士,搞面子平等。
最近半年我的人生最大心得是人生而孤独,昨天在知乎读到一个回答深深共鸣,我最笨,只能征求作者同意后收藏到我的小博客里留待日后回味。查到作者是个比我小两岁的女孩,嗯……
2024.10.25
哇,张咏妍回来啦!一进门就看到光老师正在拿着work report请教她些什么,我也听不懂。
2024.10.27
下午去一天自然打舵,想拐一个超大的弯,贴着桥洞打的,结果一叶障目了,没看见桥上扔下来的渔线,停了一下船,尴尬。
XYY构那个PDAC446的克隆,酶切PDAC627后竟然没切开,更有甚者有几个取了2ug竟然没条带。坚定了我以后提质粒必跑胶的决心。
2024.10.29
做实验进进出出的真讨厌,当然这一点儿也没错,但我就是觉得真讨厌。我要是有一个完全隐私封闭的空间就好了。
你敢信这张图原片黑到看不到图里有几个人,我穷尽毕生所学修图技能给它拉到勉强能看的程度。
2024.11.6
OOTD
2024.11.11
以前我总觉得,世界上除了科研的工作都是没有意义的,因为只有科研才会留下不会被埋没在滚滚红尘中的遗产。但后来我发现整个世界都没有什么意义,宇宙和人生可能都是一场大梦。于是觉得人当下的感受才是重要的,因此开始想让自己和身边的人过得幸福一点。
2024.11.13
今日微雨,实验室小睡爬起,偶有拍照兴起。
2024.11.15
今天祖师爷来做报告。
2024.11.16
2024.11.18
Task:
- PDAC446-20h 提RNA
- ChIP-seq加Cycles
- RIP-seq建库二链合成、回收
- ……
2024.11.26
以及——我的博资考复活赛终于过了,感恩我老板在帮我修改Proposal和答辩PPT中受的成吨的气。收获是评委其实对你研究的东西懂得很少,问的问题也能五花八门。课题想深入还是靠自己,物理世界细节那么多,不像答辩那么好应付。
2024.12.4
龙舟队又搞年末2025引体了,我本来还写了个小组挑战的策划,被砍成粗暴的全队凑齐2025了,难度有点太低,我个人就能完成2025.
晴姐博士答辩,涛哥带了人民富豪,我带了惠惠,还有小熊虫来听。我老板和本科科研训练前老板也在评委席。惠惠晚上参加gala night专门从深圳飞回来,带我去看了gala night的准备后台。
2024.12.6
我不敢说把谁当朋友,因为我一直没想通朋友的界限。我并不能为每一个熟人两肋插刀。现在我想好了,朋友就是——不主动加害的熟人。并不一定要深度荣辱与共,这样我的朋友一下子就多了起来。
2024.12.7
像痛苦凝结成实质,下坠,突破血肉,离开身体。在心脏的位置留下空空的洞,却滴不出来血。
2024.12.8
2024.12.10
每次看到pyq有人发精挑细选过的丑照或者P地看不出来是谁的美照时,我都抑制住了自己发自拍的冲动。我知道这些照片在他们看来已经是满意的了,想来我觉得好看的自拍在别人看来也觉得丑。
2024.12.17
晴姐毕业了,约饭。她在我现在的工位轮转过,这件事我认识她之后才知道。在师姐博士学位答辩上被致谢也是受宠若惊。
去吃饭前我问涛哥,要带礼物去吗?是不是她请客,我们带礼物?涛哥说不用带礼物,她应该就是想请大家吃一顿。
结果最后付账的时候晴姐没有请客的意思,当然也没看到有人带礼物,我付完钱后大家A了。事后我问涛哥,晴姐这种行为不符合你的预期,她应该被blame吗,涛哥说无所谓。我也无所谓。但不止一次因为随份子、请客、送礼等等东西不把规则提前说明白而困扰。
2024.12.20
师弟xhy来了这一周我作息规律的难以置信,约定了每天10点到实验室,要我一个人肯定会磨磨蹭蹭到下午才来,但约了人就不一样,虽然我每天还是会迟到几分钟。规律的工作有好处,每天浪费在玩手机上的时间少了,周末也比以前更开心。
以及强制性需要理清自己的课题思路和实验安排,因为你得反复给他讲,回答他的问题——一些其实自己早该回答的问题。
今天讲了组会,还是和之前一样准备得很仓促。可能最近需要联系一样WY师姐请教病毒文库的问题。
今天是我的第五次组会工作汇报。时间过得真快,我都快四年级了。本科和研一是经常会设想自己到高年级时会是什么样子,会不会比那时看到的师兄们做得更好,现在看来没有,耽误了太多时间。初心易得,始终难守。当初只觉得是心灵鸡汤,现在觉得是客观总结,大多数人是坚持不了初心的。
2024.12.22
发现了人像肤色调色大法:橙色和黄色的饱和度降低,明度拉高,就能让肤色自然变白。然后把色相适当再拉高一点就能白里透红。
2024.12.24
我是废物,中午桃李吃饭完,(实在是离宿舍太近了)直接回去睡到下午六点,去做了两小时引体向上,一天又白费。xhy竟然还没走,卷死我了。
2024.12.25
昨天睡太晚了,今天简直可以用挣扎来形容起床,直接带了牙刷和牙膏来实验室,还是迟到了5min,然后发现实验室已经放了一套牙具了,看来这事我没少干过。算上上周欠的170个和前几天的60个,现在一共是280个俯卧撑,慢慢还吧。
2024.12.26
不理解。
2024.12.27
这周YL的工作汇报,标题叕改了,现在叫“Stochastic ligation upon RNA breakage preserves functional RNAs.” PPT做得好漂亮。证明L1 sequence matters for juctions的那个实验,应该在BFP-NeoR周围加上随机序列来控制跟L1长度差不多。ZYY问U1是四种splicing中哪一种,需要学学非GU-AG的其他几种具体是什么。解释半衰期时YL提了cleavaged RNA形成circular RNA从而避免被外切酶消化的猜想,眼前一亮,不过还没有实验证据。
整个工作的对于投稿来说还是差一个biological functions,实际知识点来说,引入了一个新的问题:是什么机制上调了L1的半衰期和nasient RNA转录。Alan提到目前他知道的两种RNA feedback的理论:
- 我轮转时讲过的Transcription adaptation
- Richard Young提出的Condensate, mediator ...
一如既往地佩服阿兰。
文献是轮转师妹ZWJ讲的一篇Alu外显子化产生一种拮抗IFNAR2经典isoform的新蛋白变体IFNAR2-S的Cell. 老板评价:Alu作为Exon已经被说烂了,最近这两篇文章无新意。可以Take home的message是Alu作为外显子化比例最高的TE的两点原因:
- 数量大(占genome 10%)
- 内部有很多splice sites. 容易“截获”splicing acceptor site
实验室人越来越多了,今天这个晚饭有点壮观,质量也很顶。
2024.12.30
健身卡这个月终于到期了,晚上跟渊博约了去31号楼,我的2025引体还差不到两百个了,明天还有一天,绰绰有余。上次打卡是做2020跨年引体,五年弹指一挥间。增哥借我相机去哈尔滨划冰龙了,今年的场地条件简直起飞,还给了5000块奖金。
周六日又颓了两天,今天是周一了,我决定这周是战斗周,一切娱乐软件甚至qq音乐我都卸了,至少到周五开完组会之前,保证除了吃饭睡觉运动就是搞科研。
Csm那个reporter第一遍已经构出来了,但是没考虑抗性冲突;这次第二遍FACS结果隐隐不妙,哭。不过StitichR的单克隆非常不错,喜忧参半。
病毒小样铺板过于稀疏了,但硬着头皮测测滴度试试再说。是按照台子上面的参考细胞密度铺的板,但现在我觉得它有点不准,一个6-well plate孔养HEK293T到100% confluency今天测了足足有5.8million细胞量,但那上面写着只有2.5miliion. 害人不浅。
本来今天中午截止提交选题报告来着,但好像学院群里没人提。困意来袭在工位上睡着了,错过午饭时间。
2024.12.31
ZF lab是我轮转时申请过的实验室,当时ZF老师跟我聊了不到半个小时把我拒掉了,当时他们吸引我的点在于实验室公众号做得好,除了定期的文献速递,平时的生活也记录得很文艺。
每年年末,会有一个摄影展,今天他们出了2024年的。
今天刚看到推送时,我心底冒出的想法是觉得那些文字有点矫揉造作,读起来很尴尬。但回顾2021年的文风,差别并不大。当时眼里的浪漫如今显得矫情。这种变化很有趣,推测它产生的原因之一可能是ZF老师拒绝了我的轮转申请。因此,我潜意识里贬低我没有得到的东西,将失败的原因从“我的价值没有被认可”替换成了“其实不去也没有那么可惜”。
这种生活中的文艺感是我追求的东西,我有时也会在社交媒体上发布一些自我陶醉的图文或视频。同样的东西,如果我自己发就觉得浪漫,别人发就觉得矫情,看来我很双标,总是倾向于包容自己,对他人挑剔。反过来想,一定也有人对我嗤之以鼻,这让我想减少自己的对外暴露。但我又具有另一个需求——被关注。否则,所有的东西记录在本地就好,何必写在能被别人看到的地方。这种矛盾很有趣。
为了平衡这种矛盾,我选择了写博客。博客不像各种平台有关注或推荐功能,所以来读我文字的人都是主动找上门的,直接过滤掉了大部分直觉上的恶意。与私密日记本相比,博客又满足了我被关注的需求。这种形式既保护了我的隐私,又满足了我的表达欲望。
当我对别人产生负面评价时,我无意批评自己“你怎么是这样的人?为什么会这样想别人?”因为这些想法是从我直觉里冒出来的,我没有主观恶意。这种想法就像有的人不喜欢吃香菜,而我有个姐姐见到猫就害怕想跑。我想这种矛盾很难解决,直觉里冒出的想法要让人怎么去“改正”?只能规避。遇到喜欢的人和喜欢的事就直接赞美,遇到不喜欢但其实别人根本也没错的事情就一言不发然后远离。大多数人可能就是这样做的,我几乎从没有收到过别人不好听的评价。
但还是会想自己要是能够表里如一地成为一个“好人”就好了,能够衷心赞美他人,而不是因为某些莫须有的成见只能被动控制自己的行为符合一个“好人”的标准。但是控制想法这种事,仿佛只有幼年阶段接受的教育和所处社会环境年复一年的价值观熏陶,让直觉符合“好人”。当然这世界本来就没有好坏,只是如果自己的直觉跟世俗的好坏一致的话,会活得坦荡一点吧。
在杠上跨年了,相机里的表跟手机不太一致,于是精打细算想要做最后一组时能够在零点挂在杠上,做的时候也尽量慢,让挂在杠上的时间长一点。没想到特别特别完美,做第2025个的时候刚好是2024-12-31 23:59:59 ~ 2025 1-1 0:00:00
2024哗的一下,新年快乐!