质粒完整性

我决定以后:

  1. 每次提质粒后必跑胶;
  2. 重要实验开始前用到冻存很久的质粒也要跑胶,如果完整性不好就重新转化;
  3. 需多次使用的helper plasmids提取后分装到八联排,减少冻融次数。

原因是我最近有一次实验失败,后来发现是转染用的质粒不行:

NanoDrop浓度是正常的,跑胶糊的一批

可能是在4℃放太久了,或者其他什么原因。重新转化提质粒后非常好看:


另一个独立事件是,有几个质粒一起转染后药杀:

结果转染了lane1(几乎没有超螺旋的条带)的细胞全死了(说明没有药物抗性),lane3的细胞存活率最低,而lane2和lane4正常。说明lane3的超螺旋比例虽然正常,但NanoDrop测出的浓度虚高。


综上,每次重要实验前,需要对质粒跑胶确定完整性(超螺旋比例)和浓度(通过上样相同ng数横向对比条带亮度)。