📑 面向用户的介绍

工具简介

这是一个 sgRNA 引物生成工具。
你只需要输入 sgRNA 的名称和序列，它会根据所选的规则自动生成适配的正向和反向引物，并在结果区域显示。

功能特点

1. 支持多种规则

• 内置了常用的载体规则（如 P320-Cas9DR-NianLab、PDAC446、PX458-GFP）。
• 每种规则对应不同的接头序列（前缀/后缀），可保证引物设计符合载体要求。

1. 规则可自定义

• 用户可以在界面中修改接头序列（前缀、后缀），然后直接生成自定义规则下的引物。
• 点击“重置为默认值”按钮即可恢复原始规则。

1. 自动格式化显示

• 引物序列中的接头（前缀/后缀）会以小写显示，中间的 sgRNA 序列为大写，方便区分。

1. 批量处理

• 支持一次性输入多条 sgRNA，系统会逐行解析并批量生成引物。

使用方法

1. 在 “选择引物规则” 下拉框中选择对应的载体规则。
2. 确认或修改接头序列（默认值已经配置好）。
3. 在输入框中按以下格式输入 sgRNA 信息：

基因名-sg编号 序列
例如：
YY1-sg1 GAAGAGTTACCTCAGCGGCG

4. 点击 “生成引物” 按钮，结果将显示在下方。

生成的结果类似：

YY1-sgF1 ttgGAAGAGTTACCTCAGCGGCGgtttaagagc
YY1-sgR1 ttagctcttaaacCGCCGCTGAGGTAACTCTTCcaacaag

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⚙️ 面向开发者的介绍

项目结构

代码由三部分组成：

1. HTML：负责页面结构（规则选择区、接头设置区、输入区、结果区）。
2. CSS：定义界面样式，包括响应式设计、输入框、按钮、结果显示等。
3. JavaScript：实现核心逻辑（规则管理、引物生成、反向互补计算、结果显示）。

核心功能说明

1. 规则配置 (PRIMER_RULES)

• 使用一个对象存储预设规则，每个规则包含：
  • 名称、描述
  • forward_prefix、forward_suffix
  • reverse_prefix、reverse_suffix
• 规则下拉框由 initializeRuleSelect() 动态生成。

1. 反向互补函数 (reverseComplement)

• 将输入序列反向互补，保证反向引物正确。

1. 引物生成逻辑 (generatePrimers)

• 输入 sgRNA 名称（如 YY1-sg1）和序列（如 GAAGAGTTA...）。
• 自动生成引物名（如 YY1-sgF1, YY1-sgR1）。
• 拼接接头前缀和后缀，并调用 reverseComplement() 生成反向引物序列。

1. 序列格式化 (formatSequence)

• 接头（prefix/suffix）小写，中间 sgRNA 大写，便于人工检查。

1. 输入处理 (processInput)

• 支持多行输入，逐行解析 sgRNA 名称和序列。
• 生成结果并显示在 resultContainer 中。

1. 事件监听

• 下拉框选择规则时：更新接头和规则说明。
• “重置为默认值”按钮：恢复选中规则的接头配置。
• “生成引物”按钮：批量处理输入并输出结果。

可扩展性

• 新增规则：只需在 PRIMER_RULES 中添加新的配置项。
• 格式输出：目前是文本输出，可扩展为下载 CSV/Excel。
• 功能拓展：
• 检查 sgRNA 是否符合 PAM 要求（如 NGG）。
• 统计引物长度和 GC 含量。
• 一键导出至 Oligo 订购表格。