记录一下最近犯的一个蠢错误。做个融合PCR,因为想当然跳了一步,结果浪费了一周多时间。
实验很简单,就是要把一个带EGFP的“标签”换成mCherry。用两步Overlap PCR:
- 先P出mCherry片段,一端带上和“标签”一样的overlap区段。同时P出“标签”中没有EGFP的另一半。
- 把mCherry产物和“标签”做融合。
问题出在第一步PCR之后。
挂胶看了眼,条带很亮很单一,就动了歪脑筋:这么干净,还切胶回收干嘛?直接稀释了当模板用,省事。
于是跳过了胶回收,直接做了后续的融合、转化、送测序。
结果,送去测序的克隆,一堆都是错的。最离谱的是,很多克隆里根本没有mCherry,还是原来的EGFP。
想了半天,终于明白了。就是因为没做胶回收。
第一步的PCR产物里,虽然看着干净,但肯定有微量的EGFP模板残留。到第二步融合的时候,因为mCherry和EGFP序列高度相似一样,引物根本没法区分,就把残留的EGFP模板也给P出来了。(更重要的是我还没有做“不加引物,预先让overlap延伸”的步骤,直接就加两头的引物P了)
所以最后产物里混了一堆带EGFP的错误片段。
啊!!就为了省那一两个小时,结果耽误了一周多,试剂测序费全白瞎了!
结论就是:切胶回收,就老老实实切。PCR产物看着再干净,也信不过。不加引物先反应,也不要跳过这个步骤。老老实实按protocol做才是最快的。虽然,只要设计的时候考虑完善,确实也可偷懒省略(这次是EGFP和mCherry序列相似度太高翻车的),但是人总会百密一疏,多“愚蠢”一些,也许长远是更省时间的。