根据DNA分子量选择不同浓度的琼脂糖凝胶

在制胶之前，需要根据目的蛋白的大小，选择合适浓度的琼脂糖凝胶，简言之，长片段的DNA选用低浓度的凝胶电泳，短片段的DNA选用高浓度的凝胶电泳。

这段话大家都知道，但不同的人理解可能不同。比如我的理解就是：如果大片段用高浓度琼脂糖的话也能跑，但是要跑很久很久才能产生肉眼可见的区分度。因此，为了节省时间（同时没有那么长的凝胶），我们选择低浓度凝胶。

直到今天我才发现，选择浓度不对的话，不只是跑得快慢的问题，而是可能条带相对大小都会不准确。

下面是一个普普通通的载体双酶切，marker左边是切过的，marker右边上了一孔环形对照，用于显示我有没有切干净。

如您所见，酶切载体确实比对照跑得慢一点，说明它变成线性的了，下方被切下来的小片段的大小也正确。但毕竟拉开的距离太小，不能排除切除不完全的可能（即环形的条带和线性条带重合）。这个质粒约10kb，我知道应该减小琼脂糖浓度，但用了之前为了省事存起来的1.5%凝胶。

如上图，跑到底，也没有分开这两个带。而且愈发看起来像是大小一样。我于是切胶回收了之后，用0.7%的琼脂糖又跑了一次，用了完全一样的环形对照。

离谱哦，它们竟然相差这么大。这两次跑胶的条带跟marker的对应关系差太多了。

结论是，不同浓度琼脂糖的区分区间不仅仅是拉不拉的开距离，而且还关乎marker准不准确。不过除了凝胶浓度，也有上样量太大拖慢条带的可能，我其实注意到这一点了，专门分了好几个孔上样，但还是浓度大了，以后可以不均分，单独在一个孔放200ng左右用来示踪，做就做全。All in all，在有更多经验积累之前，我不会再用1.5%的胶跑10kb质粒了。