RNA变性胶

第一次做RNA变性胶，记点东西。

RNA二级结构很复杂， 所以在非变性条件下跑胶不能正确反映大小。变性胶有琼脂糖+甲醛的，还有聚丙烯酰胺+尿素的。前者分离范围较大，后者分辨率高，主要用于1500bp以下的RNA。

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我用的1xTBE做Running Buffer，之后染色用的1xTBE加万分之一的SYBR Gold，室温孵育15min。结果曝光出来降解还是非常明显的。

注意事项：

  1. 尿素溶解吸热，所以适当加加热让它溶解更快。
  2. RNA样品加loading buffer后要现在90℃加热5min，然后迅速置于冰上冷却，打开二级结构。RNA Ladder也要。
  3. 拔了梳子之后，一定要冲洗干净孔里的尿素，不然样品很难在电场下往下移动，而且不同孔中的残留尿素量不同，造成迁移率也不同，条带会参差不齐，这一细节非常重要。
  4. 5%的聚丙烯酰胺凝胶非常软，很难转移位置，稍微一不注意就破了，或者变成一坨根本展不开。我是把一个一次性透明手套放在一个平板上，淋一点水，然后把胶放在上面前后左右晃，直到把它晃开、展平。然后端着手套转移到显影仪里。