改造R2 retrotransposon用于基因整合
这篇文献探讨了如何将R2逆转录转座子改造为一种新型的基因整合工具。作者详细阐述了其工作原理、改造策略，并评估了其在基因组编辑中的应用潜力，为开发非CRISPR依赖的大片段整合技术提供了新思路。
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系统鉴定DNA transposon
这篇《Cell》文献通过大规模异源筛选，系统鉴定了130个DNA转座子在人类细胞中的功能，将已知有活性的转座子数量翻倍，并从中发现了性能优异的新工具“MAG”，为基因组工程工具箱提供了重要扩展。
LINE-1 enhancer
这篇笔记梳理了关于LINE-1逆转录转座子作为增强子的关键研究。从早期胚胎发育中调控染色质可及性，到建立干细胞多能性网络，再到介导长距离基因激活，一系列前沿工作揭示了这类“垃圾DNA”深刻且保守的顺式调控功能。
ZNf512(B)通过识别长间隔TTC建立pericentric heterochromatin
这篇转载自BioArt的《自然》论文报道，揭示了旁着丝粒异染色质起始的关键机制。作者团队发现锌指蛋白ZNF512(B)能通过其特有的长间隔锌指结构，识别基因组中非连续分布的TTC基序，进而招募SUV39H甲基化酶，在序列不保守的旁着丝粒区域特异性建立H3K9me3修饰与异染色质结构。
Arp2/3调控转录
这篇2007年的研究揭示了肌动蛋白成核复合物Arp2/3在细胞核中的新功能。作者通过精巧的实验设计，证实了核内的Arp2/3能通过N-WASP介导的肌动蛋白聚合，调控RNA聚合酶II依赖的转录，为理解核骨架与基因表达的关系提供了关键证据。
nuclear actin成像
本文综述了四种核内肌动蛋白成像方法，涵盖活细胞探针（R1-EN、Utr230-EN、LifeAct-GFP-NLS）与固定细胞染色（鬼笔环肽），并分析了各自的技术原理、应用场景与潜在局限性。
nuclear actins招募Pol II诱导血清响应基因表达
这篇发表于《Cell》的研究揭示了核内肌动蛋白（nuclear actin）在细胞快速响应环境信号中的关键作用。作者发现，在血清或IFN-γ刺激下，核内actin通过N-WASP/Arp2/3复合体介导的聚合，促进RNA聚合酶II（Pol II）在诱导性基因位点形成聚集区，从而驱动血清响应基因的转录激活。
SAF-A和nuclear RNA形成网络调控转录
这篇预印本研究揭示了细胞核内转录调控的新物理机制。作者发现SAF-A蛋白与核内RNA通过相互作用，形成了一种可调控的“微凝胶”网络。这种结构不仅影响核内蛋白扩散，还与染色质状态及转录活性密切相关。
Cas7-11,CRISRP-Csm and Cas13
这篇笔记聚焦于靶向RNA的CRISPR系统，梳理了Type VI家族的Cas13、Type III家族的CRISPR-Csm复合物以及新型单蛋白效应器Cas7-11的核心文献。作者重点分析了Jennifer Doudna团队关于Csm复合物的研究，探讨了其亚基组成、切割机制、crRNA设计以及相较于Cas13的优势。
Science: CRISPR-guided RNA breaks
这篇发表于《Science》的研究，开发了基于CRISPR-Cas系统（如Csm复合物）的RNA靶向与修复工具，实现了在人类细胞中进行位点特异性RNA切除。作者从中获得启发，探讨了如何将类似的RNA连接现象，从验证生物学意义的基础研究，转化为以治疗应用为明确目标的工具开发思路。
综述:RNA repair
这篇综述聚焦于RNA修复这一前沿领域，以核心因子RTCB为线索，串联起从早期发现到系统专著的重要文献。它揭示了RNA损伤响应与修复的分子机制，展现了该领域从“隐藏”到逐渐清晰的研究图景。
RNA exosome
这篇文献探讨了核内RNA稳态如何系统性地协调细胞命运与衰老进程。作者重点关注RNA外切酶复合体（RNA exosome）在维持核内RNA平衡中的关键作用，及其对细胞状态决定的深远影响。
LINE-1 FISH with IF
这篇PLOS Genetics文献为LINE-1 RNA的活细胞成像提供了经典方法：通过MS2-MCP系统进行单分子RNA FISH，并与ORF2p蛋白的免疫荧光共定位。其关键验证表明，引入24x MS2茎环结构不影响LINE-1的转座活性，为相关探针设计提供了重要依据。
Science:长寿RNA
这篇发表于《科学》的研究揭示了小鼠大脑中存在寿命极长的核RNA（LL-RNAs），其稳定性可长达两年，与小鼠寿命相当。研究发现，这些长寿命RNA富含卫星重复序列，并倾向于定位在异染色质区域。
snRNA-L1 chimeras的形成机制
这篇笔记探讨了基因组中一类特殊的嵌合序列——snRNA-L1 chimeras，其典型特征为完整的snRNA（如U6）与5‘端截短的LINE-1序列融合。作者从假基因与LINE-1逆转录转座机制入手，梳理了这类序列可能的两种形成假说：经典的模板转换机制与较新的RNA连接酶介导的模型。
CRISPR是比Morpholino更牛逼的工具吗
本文探讨了CRISPR/Cas9基因敲除与Morpholino基因敲降在发育生物学研究中的表现差异。作者梳理了反向遗传学工具的发展，指出看似更彻底的基因敲除有时反而产生比敲降更轻微的表型，并深入分析了“转录适应”等遗传补偿机制可能的原因。
基于CRISPR/Cas9和Cre-LoxP的成年小鼠基因敲除
这篇文献介绍了一种巧妙结合CRISPR/Cas9与Cre-LoxP系统，利用AAV递送实现成年小鼠组织特异性基因敲除的创新方法。它有效解决了AAV载体容量限制与SpCas9编码序列过长的矛盾，为基因功能研究提供了更高效、更灵活的工具。