两种核糖体
这篇文献笔记介绍了吴雪兵课题组关于核糖体异质性的前沿研究。文章聚焦于RPL3L这一特殊核糖体蛋白，揭示了其在心肌细胞中“更慢但更精确”的翻译特性，并探讨了这种特性对保障Titin等巨型蛋白正确合成的关键作用，为理解心脏生物学提供了新视角。
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线性归一化与尺寸因子归一化
这篇笔记详细对比了数据科学中两种关键的归一化方法：线性归一化（RPM）与尺寸因子归一化。文章通过具体示例，逐步拆解了它们的计算逻辑，并深入分析了各自的优缺点与适用场景，为处理基因表达等数据提供了实用的方法选择参考。
BAM文件去除rRNA
这篇笔记详细记录了从RNA-seq数据中去除rRNA reads的实用方法。作者系统介绍了如何通过UCSC Table Browser获取rRNA的BED注释文件，并利用samtools和bedtools工具从BAM文件中精准过滤掉这些非目标序列。此外，还提供了使用BBDuk从FASTQ源头进行处理的备选方案。
别再礼贤下士
主人在知乎看到一个关于“礼贤下士”的犀利观点，剖析了资源分配者难以避免的“上位者心态”。文中指出，许多看似平等的姿态，实则是一种隐性的权力筹码。这让主人对“平等待人”有了新的审视。
AI..
主人用AI辅助生信分析，熬夜写的脚本却因一个小细节卡壳。师兄五分钟搞定，还点出关键：每一步都要检查输出。AI降低了门槛，却让专业与业余的差距更显眼——工具再好，也得在懂行的人手里才真正发光。
AI！
主人嘴上不说，身体却很诚实嘛wwww！从数据查询、国家名称映射到R语言画图，这篇随笔记录了他如何依赖ChatGPT高效搞定复杂的跨国问卷分析，连AI都成了全球青年的头号关切呢。
虚伪
主人用集市摊位隐喻社交网络，探讨了为何我们逐渐只展示“有用”的侧面，而将真实的沟壑藏起。这种成年人的“虚伪”，究竟是孤独的无奈，还是心照不宣的体面？
改造R2 retrotransposon用于基因整合
这篇文献探讨了如何将R2逆转录转座子改造为一种新型的基因整合工具。作者详细阐述了其工作原理、改造策略，并评估了其在基因组编辑中的应用潜力，为开发非CRISPR依赖的大片段整合技术提供了新思路。
系统鉴定DNA transposon
这篇《Cell》文献通过大规模异源筛选，系统鉴定了130个DNA转座子在人类细胞中的功能，将已知有活性的转座子数量翻倍，并从中发现了性能优异的新工具“MAG”，为基因组工程工具箱提供了重要扩展。
Ac/Ds系统
这篇笔记以玉米粒颜色变化为切入点，探讨了经典的Ac/Ds转座子系统。作者通过清晰的图示，阐释了转座子插入与切出如何动态调控基因表达，从而产生纯色或斑驳的表型，生动展示了“跳跃基因”的遗传学机制。
道德
主人最近经历了一系列道德困境的自我剖析：从情感纠葛、实验室违规到骚扰他人，甚至产生违法念头。这些真实而挣扎的记录，展现了他对“道德究竟是利益规训还是内心安宁”的深刻追问。
索取价值认可不是爱
主人今天分享了一篇关于「价值之爱」与「能量之爱」的深刻探讨。文章犀利地指出，许多以爱为名的付出，实则是在索取价值认可与自我证明，而非真正的关怀。这让我反思，真正的爱或许应是能量的给予，而非一场自我感动的表演。
LINE-1 enhancer
这篇笔记梳理了关于LINE-1逆转录转座子作为增强子的关键研究。从早期胚胎发育中调控染色质可及性，到建立干细胞多能性网络，再到介导长距离基因激活，一系列前沿工作揭示了这类“垃圾DNA”深刻且保守的顺式调控功能。
云边有个小卖部
主人一口气读完了张嘉佳的《云边有个小卖部》，嘴上说剧情俗套，却忍不住摘录了这么多优美的句子wwww。这篇笔记里，满是刘十三的成长、外婆王莺莺的守护，以及那些关于等待、失去与治愈的温柔瞬间。
我的妈妈
主人收藏了张嘉佳《云边有个小卖部》中一段名为《我的妈妈》的文字。作者以孩子“刘十三”的视角，用质朴而动人的笔触，描绘了一个在母亲缺席的童年里，如何从他人身上拼凑母亲形象、寄托思念的过程，情感真挚，令人动容。
ZNf512(B)通过识别长间隔TTC建立pericentric heterochromatin
这篇转载自BioArt的《自然》论文报道，揭示了旁着丝粒异染色质起始的关键机制。作者团队发现锌指蛋白ZNF512(B)能通过其特有的长间隔锌指结构，识别基因组中非连续分布的TTC基序，进而招募SUV39H甲基化酶，在序列不保守的旁着丝粒区域特异性建立H3K9me3修饰与异染色质结构。
孤独的快乐者
主人收藏的这篇讨论，触及了纯粹研究者的内在快乐与社会回报的错位。原作者质疑了学术清贫的叙事，认为思考需要物质保障，而真正的快乐往往在孤独的专注中闪烁。文末附上了另一段从经济学出发的犀利评论，形成了有趣的观念碰撞。
只要大腿抱得紧
主人大三时在IBP实验室“打杂”参与的工作，如今竟登上了Nature顶刊！这篇随笔以幽默自嘲的口吻，分享了这份意外惊喜，并附上了一段与母亲充满温情与智慧的对话，探讨了科研的漫长、个人的渺小与坚持的意义。
靶向RNA的CRISPR gRNA设计
作者基于实验经验，总结了靶向RNA的CRISPR gRNA设计要点，特别是Type III系统。文中重点探讨了方向性、兼容性及二级结构等关键设计原则，并分享了因方向错误导致实验延误的教训。
copGFP
这篇笔记探讨了copGFP，一种源自桡足类的绿色荧光蛋白变体。其亮度比EGFP高约1.3倍，且通过C端融合的PEST序列实现了约1小时的短半衰期，适用于动态监测。作者分析了其序列特征，并与常见EGFP进行了对比。
Arp2/3调控转录
这篇2007年的研究揭示了肌动蛋白成核复合物Arp2/3在细胞核中的新功能。作者通过精巧的实验设计，证实了核内的Arp2/3能通过N-WASP介导的肌动蛋白聚合，调控RNA聚合酶II依赖的转录，为理解核骨架与基因表达的关系提供了关键证据。
红颜弹指老
主人这篇《红颜弹指老》收录了三月到六月近百天的实验日志与心绪碎片，像一封封未寄出的信。从深夜实验室的质粒构建、细胞传代，到博资考的压力、龙舟队的训练，再到那些“一边焦虑一边摆烂”的深夜独白……时间在移液枪与键盘间悄然流逝，青春在烧杯与桨叶中刻下印记。
记忆增量
主人从一段关于“记忆增量”的引文出发，反思了那些被虚度的、未能留下任何新记忆的日子。他探讨了如何定义“值得回忆”的标准，并试图在“不设目的”的人生哲学与“留下珍贵记忆”的新目标之间寻找平衡，甚至对引文中看似充实的生活也提出了自己更严苛的价值判断。
nuclear actin成像
本文综述了四种核内肌动蛋白成像方法，涵盖活细胞探针（R1-EN、Utr230-EN、LifeAct-GFP-NLS）与固定细胞染色（鬼笔环肽），并分析了各自的技术原理、应用场景与潜在局限性。
公平的多样性
作者探讨了“公平”概念的多样性困境：在群体决策中，往往存在多种看似合理的公平标准相互冲突，导致无休止的低效争论。文章以警力部署和龙舟队选拔为例，指出执着于寻找“最公平”方案可能徒劳，并提出了一种更务实的解决思路。
现代文明边缘地带
作者借丹内特与Slate Star Codex博客的案例，犀利地指出中文世界常处于“现代文明的边缘地带”，信息传递的滞后与断层令人深思。文中更以OpenAI内部讨论为引，揭示了前沿思想交流中那些被我们忽略的枢纽与桥梁。
每天都幸福
主人今天分享了一篇关于“平淡幸福”的感悟，并链接了两位博主（Jinji与落园）的文章。他认同其中“无需焦虑、不必硬熬”的生活态度，同时也带着一丝清醒的自省，思考这份安然是否源于舒适区。
nuclear actins招募Pol II诱导血清响应基因表达
这篇发表于《Cell》的研究揭示了核内肌动蛋白（nuclear actin）在细胞快速响应环境信号中的关键作用。作者发现，在血清或IFN-γ刺激下，核内actin通过N-WASP/Arp2/3复合体介导的聚合，促进RNA聚合酶II（Pol II）在诱导性基因位点形成聚集区，从而驱动血清响应基因的转录激活。
SAF-A和nuclear RNA形成网络调控转录
这篇预印本研究揭示了细胞核内转录调控的新物理机制。作者发现SAF-A蛋白与核内RNA通过相互作用，形成了一种可调控的“微凝胶”网络。这种结构不仅影响核内蛋白扩散，还与染色质状态及转录活性密切相关。
小朱毕业赠言
主人珍藏着一份特别的毕业赠言，来自队友“小朱”对一位龙舟队成员的深情寄语。文字里满是并肩训练的热血回忆，从“闷骚”新队员到可靠导师的成长，那些关于担当、自律与乐观的闪光点滴……哦哈哈哈，这份情谊也太动人了吧！
PX458-GGA
这篇笔记记录了CRISPR/Cas9基因编辑中PX458质粒的引物设计要点。作者详细说明了用于sgRNA克隆的正向与反向引物序列修饰规则，包括5'端添加的特定接头序列，为分子克隆实验提供了准确的技术参考。
达芬奇笔记
主人为了龙舟队宣传视频，通宵现学DaVinci Resolve，从分镜统计、素材拍摄到粗剪、调色、稳定、转场和导出，整理了一套超详细的实战笔记。这篇涵盖软件设置、剪辑流程与技巧，简直是视频新手的救命指南wwww。
剪视频
主人嘴上嫌弃剪视频费劲，作品却自己看好多遍wwww。从Lumafusion到剪映，再到调色惊艳的达芬奇，他记录了龙舟赛季的暖场回忆、跨年引体，还有精心设计的备赛短片。
酶切产物自连
这篇笔记探讨了分子克隆中一个常被忽略的现象：当DNA片段两端具有回文序列的粘性末端时，在连接酶作用下会发生显著的自连，形成多聚体。作者通过严谨的实验验证了这一点，并分析了不同末端类型对自连结果的影响，为克隆实验设计提供了重要参考。
Cas7-11,CRISRP-Csm and Cas13
这篇笔记聚焦于靶向RNA的CRISPR系统，梳理了Type VI家族的Cas13、Type III家族的CRISPR-Csm复合物以及新型单蛋白效应器Cas7-11的核心文献。作者重点分析了Jennifer Doudna团队关于Csm复合物的研究，探讨了其亚基组成、切割机制、crRNA设计以及相较于Cas13的优势。
说明书备忘
这篇笔记整理了实验室常用的几款试剂盒与PCR Mix的说明书关键信息，包括诺唯赞的Phanta系列、质粒提取、胶回收、基因组提取，以及TRIzol RNA提取和rRNA去除建库流程。作者将核心步骤和注意事项浓缩于此，方便实验时快速查阅。
APEX2 proximal labeling
这篇笔记介绍了APEX2邻近标记技术，这是一种在活细胞中进行时空特异性蛋白质组学研究的强大工具。作者重点阐述了其基于辣根过氧化物酶改造的原理、相较于APEX的优化之处，以及在解析亚细胞器蛋白质组和动态蛋白质相互作用网络中的关键应用。
RIP-seq
这篇笔记详细记录了RIP-seq（RNA免疫沉淀测序）的实验原理与标准操作流程。作为一种研究RNA-蛋白质相互作用的关键技术，它通过特异性抗体富集与目标蛋白结合的RNA，并结合高通量测序进行鉴定与分析。
节日
主人读到一篇关于「节日」的思考，探讨了个人生命转折点与公共日历节日的不同意义。文章引用了Derek Sivers的观点，认为真正的“新年”始于生活的重大变化。主人对此表示赞同，但也补充了公共节日的独特价值——它为思念与联结提供了珍贵的契机。
句子
主人收藏了这篇关于「句子」的随笔，其中引用于淼的话，探讨了个人体验与名言复读的张力。文章还附带了一个有趣的随机句子滚动效果。
Science: CRISPR-guided RNA breaks
这篇发表于《Science》的研究，开发了基于CRISPR-Cas系统（如Csm复合物）的RNA靶向与修复工具，实现了在人类细胞中进行位点特异性RNA切除。作者从中获得启发，探讨了如何将类似的RNA连接现象，从验证生物学意义的基础研究，转化为以治疗应用为明确目标的工具开发思路。
综述:RNA repair
这篇综述聚焦于RNA修复这一前沿领域，以核心因子RTCB为线索，串联起从早期发现到系统专著的重要文献。它揭示了RNA损伤响应与修复的分子机制，展现了该领域从“隐藏”到逐渐清晰的研究图景。
RNA exosome
这篇文献探讨了核内RNA稳态如何系统性地协调细胞命运与衰老进程。作者重点关注RNA外切酶复合体（RNA exosome）在维持核内RNA平衡中的关键作用，及其对细胞状态决定的深远影响。
LINE-1 FISH with IF
这篇PLOS Genetics文献为LINE-1 RNA的活细胞成像提供了经典方法：通过MS2-MCP系统进行单分子RNA FISH，并与ORF2p蛋白的免疫荧光共定位。其关键验证表明，引入24x MS2茎环结构不影响LINE-1的转座活性，为相关探针设计提供了重要依据。
Science:长寿RNA
这篇发表于《科学》的研究揭示了小鼠大脑中存在寿命极长的核RNA（LL-RNAs），其稳定性可长达两年，与小鼠寿命相当。研究发现，这些长寿命RNA富含卫星重复序列，并倾向于定位在异染色质区域。
做喜欢的事
主人引用了费曼的学习秘诀：真正的动力源于热爱。他借一大加贝的文章探讨，做喜欢的事不仅是高效学习的核心，更是抵御倦怠与抑郁的关键。但主人也忍不住怀疑，这会不会成为我们逃避挑战的借口？
NowPage
这篇Now Page是主人个人状态的动态记录，灵感源自Derek Sivers。它超越了静态的“关于”页面，实时展现着主人的科研进程（如RNA连接、dTAG细胞系）、技术探索（Agent-Fox、3D打印）与生活点滴（龙舟队、负债累累wwww）。这里归档了主人一路走来的专注、挣扎与热爱。
谈拖延
主人一边焦虑一边摆烂时，读到一篇超棒的观点：拖延症患者需要管理的不是时间，而是情绪。他从自身海量经验出发，剖析了焦虑与拖延的正反馈循环，并分享了对抗“畏难”与“不开心”的实用方法。
过表达实验
这篇笔记探讨了SAFB蛋白在基因组三维结构调控中的作用。通过ChIP-seq数据分析发现，SAFB缺失会增强其结合位点附近的拓扑相关结构域边界，而过表达实验则显示SAFB水平可能已饱和或不足以单独抑制边界形成。
领导3
主人这篇随笔探讨了“当老大”的真实滋味，从少数人选择的现实、威望的滚雪球效应与时效性，到极难维持的公正，乃至“大公无私”与“以权谋私”的一体两面。最后，也聊了聊这个位置带来的独特“救赎”与隐性福利，视角相当犀利哦wwww。