细胞铺板密度
这篇笔记记录了作者通过实验验证HEK293T细胞在6孔板中的实际铺板密度，发现实验室常用参考数据存在偏差，并提供了更准确的100%汇合度细胞量及不同条件下的铺板经验。
年度归档： 2024 年 · 118 posts · Page 1/3
鱼缸
主人从“鱼缸”的比喻出发，探讨了财富、职业等社会规则如何构筑了现代生活的无形边界。他反思了自幼对“评奖评优”这类价值评判体系的抵触，认为那不过是掌权者制定的游戏。但最终，他的想法有所缓和——或许将这些“荣誉”视为在既定框架内创造趣味与层次感的“小迷宫”，能让生活在限制中依然丰盈。
RTCB的生物学功能
RTCB作为RNA连接酶，其经典的tRNA连接与Xbp1非经典剪接功能已被熟知。然而，最新研究揭示了它在细菌rRNA修复、损伤tRNA调控的应激反应以及压力诱导的tRNA切割等更广泛的生物学过程中的关键作用。
两项特殊末端RNA鉴定工作
本文回顾了两项特殊的RNA末端鉴定研究：2015年利用大肠杆菌RTCB在酵母中体外筛选5'-OH末端RNA，以及2019年在小鼠组织中鉴定2',3'-环磷酸(cP)末端RNA。后者揭示了cP-RNA可能由ANG或GCN4等内切酶特异性产生，并提示其作为一种受调控、具有潜在功能的新型非编码RNA。
tRNA ligase的发现
这篇文献笔记聚焦于tRNA连接酶RtcB的发现。该酶作为一种3′-PO₄/5′-OH RNA连接酶，其功能在细菌、古菌乃至哺乳动物中相继得到鉴定。作者梳理了其在大肠杆菌和人类细胞中的不同作用机制与复合物组成。
Xbp1的ligase发现
这篇笔记聚焦于2014年两篇关键文献，它们共同揭示了哺乳动物未折叠蛋白响应（UPR）中XBP1 mRNA非经典剪接的关键酶——RtcB RNA连接酶的发现。文章对比了不同的筛选策略，并探讨了RtcB的细胞定位及其功能补偿的可能性。
经典RNA ligase
这篇文献综述聚焦于经典RNA连接酶，系统比较了Rnl1与Rnl2两大核心家族在底物偏好（单链/双链）与催化机制上的关键差异，并特别探讨了RtcB连接酶在结构与功能上的独特性。
RTCB的two-step ligation
这篇文献揭示了RtcB介导RNA修复的新机制：通过两步反应，先以2',3'-环磷酸二酯酶活性打开环磷酸末端，再以3'-磷酸/5'-羟基连接酶活性完成连接，实现了对3'-磷酸和5'-羟基底物的特异性连接。
Ecoli RtcA的发现
这篇1998年的文献首次报道了大肠杆菌的RtcA蛋白，鉴定其为一种ATP依赖的RNA 3‘-末端磷酸环化酶，并揭示了其与RtcB、调控因子RtcR共同构成一个受σ54调控的紧密操纵子。
局外人
主人收藏了这篇关于加缪《局外人》的深度解读。文章剖析了主人公默尔索因拒绝表演社会期待的情绪而被视为异类的命运，探讨了“正常”与“真实”间的尖锐矛盾，以及个人认同在集体意识裹挟下的困境。
质粒测序
这篇笔记记录了质粒测序中一个隐蔽但危险的问题：因模板污染导致单向测序结果“正确”的假象。作者结合亲身经历，系统分析了问题根源，并提供了从引物选择到菌落纯化的三重实用解决方案，强调了严谨验证流程对实验可靠性的关键作用。
Wonderful U
主人收藏了这首《Wonderful U》，并贴心地准备了歌词和播放器。这首歌以其空灵的旋律和细腻的情感著称，探讨着爱与自我认知的复杂交织。小狐觉得，这大概也是主人某个心境的映射吧 wwww。
NamiRNA
这篇转载自复旦大学的文章，聚焦于表观遗传学领域的前沿概念——NamiRNA（核内激活miRNA）。它系统回顾了miRNA从经典抑制理论到核内激活新功能的范式转变，并详细阐述了复旦团队提出的NamiRNA-增强子-靶基因网络激活模型，为理解基因调控及肿瘤研究提供了全新视角。
虚伪2
主人这篇随笔从对“捧哏”行为的改观切入，探讨了人性中“不体面”的驱动力与“体面”的合理化理由之间微妙的关系。他反思了“精致的利己主义”与内心自洽的边界，最终指向对环境的思考与对人性之善的珍惜。文末那句自我剖白，格外耐人寻味。
Nobel Prize in Physiology or Medicine
本文整理了1901年至2024年诺贝尔生理学或医学奖的完整获奖名单，包括获奖年份、得主姓名及其获奖理由。从血清疗法、胰岛素到mRNA疫苗，这份可视化表格清晰呈现了百余年来人类在生命科学领域的重大突破轨迹。
做自己尊重的人
这是主人收藏的饶毅教授在北京大学毕业典礼上的经典发言。文章从物理学与生物学的奇迹出发，探讨在复杂世界中如何保持人性的尊严，最终赢得自己的尊重。它定义了“自省”与“自强”的深刻内涵，是一份值得反复品读的生命箴言。
来日方长
这是主人收藏的一篇带有交互式歌词同步播放器的文章，收录了薛之谦与黄龄合唱的《来日方长》。页面内嵌了可点击跳转的滚动歌词，并高亮显示原文与译文。
鱼之爱
主人收藏的这篇关于“鱼之爱”的短文，借由科茨克拉比与吃鱼青年的对话，犀利地剖析了现代社会中“爱”的异化。它区分了以自我满足为核心的“鱼之爱”，与以给予为本质的真爱，引用了伦理学家拉比德瑟勒的深刻洞见。
文库混样分组
这篇笔记记录了作者在RIP/ChIP等高通量测序实验中，关于文库混样分组策略的重要反思。通过与测序公司的沟通和后续的RNA-seq数据验证，作者发现将同一处理的Input与Elute样本混在同一测序通道至关重要，能有效避免因分lane上机引入的系统性偏差。
质粒完整性
这篇笔记记录了作者在质粒使用中因完整性不佳导致实验失败的教训，并总结出三条关键质控措施：提质粒后必跑胶、冻存质粒使用前验证、重要质粒分装减少冻融。通过胶图对比，强调了仅凭NanoDrop浓度不足以保证质粒功能，实验前进行电泳验证至关重要。
逆转座子怀孕时促进红细胞生成
这篇发表于《科学》的研究揭示，基因组中的逆转座子（如LINEs、SINEs）在孕期或失血时会被特异性激活，通过cGAS-STING固有免疫通路促进造血干细胞活化和红细胞生成，为理解生理性造血调控提供了全新视角。
坚持理想不是与世界为敌
主人从《山花烂漫时》的剧情和一段知乎回答中获得启发，反思了理想主义实践中常见的误区：真正的坚持理想，并非将个人信念强加于人、与世界为敌，而是用道德律己，尊重他人不同的生活轨迹与选择，在前进路上汇聚同路人。
生命之轻
主人收藏了周女士关于生命温差的深刻思考。文章以“雪落在不同季节”为喻，探讨了为何他人的痛苦在我们眼中时轻时重，揭示了“苦难无法回答所有问题”的真相。字里行间是对理解的渴望，也是对生命季节差异的温柔凝视。
Addgene的20年
这篇《自然》文章回顾了非营利质粒库Addgene二十年的历程。它始于创始人Melina Fan在科研中亲身经历的共享困境，如今已成长为分发超200万份样本的全球性平台，极大推动了CRISPR等技术的传播。作者在文末也对其“非营利”运营模式提出了自己的成本疑问。
用于DNA和RNA的酚氯仿异戊醇
这篇笔记整理了DNA与RNA抽提中关键试剂——酚氯仿异戊醇混合物的pH差异及其原理。作者通过问答形式，清晰解释了针对不同核酸的pH选择如何优化提取效率并防止降解。
ChIP-seq Protocol
这篇笔记详细记录了ChIP-seq实验的完整操作流程，从细胞交联、染色质片段化到免疫沉淀与文库构建。它系统梳理了每个步骤的关键参数、试剂选择与常见问题，为表观遗传学研究提供了实用的技术参考。
追求美和追求夸
这篇文章探讨了“追求美”与“追求夸”的本质区别。作者引用了一段犀利观点，指出真正的美学探索基于理论与个人表达，而盲目追随潮流则是一种媚俗。主人对此深表赞同，并进一步思考了追求美是否源于人的本能。
算术平均和几何平均
这篇笔记通过一个三台机器运行两个程序的性能对比案例，清晰地展示了算术平均与几何平均在处理归一化数据时的关键差异。作者重点分析了不同基准选择下两种平均值的表现，揭示了几何平均在跨基准比较时的一致性优势。
memory
这是作者收藏的一首触动心灵的乐曲——久石让为电影《入殓师》创作的配乐《Memory》。它不止是旋律，更是关于生命、告别与温柔记忆的深沉回响。
Beautiful
主人收藏的这篇关于「Beautiful」的探讨，并非在讨论肤浅的美貌，而是深入剖析了美学背后的哲学与感知。原作者从概念定义出发，引导读者思考何为真正的“美”，以及它如何塑造我们的认知与体验。
Insomnia
主人收藏了这首名为《Insomnia》的歌曲。它收录在专辑《The Book》中，由韩国创作歌手鲜于贞娥与说唱歌手尹未来合作演绎。这是一首融合了R&B与嘻哈元素的独特作品，探讨了深夜辗转反侧时复杂而私密的思绪。
IF YOU
主人收藏了一首名为《IF YOU》的歌曲，并附上了播放器与歌词。这是一段关于离别与回忆的旋律，适合在安静的午后或深夜独自聆听。
心太软
主人收藏了任贤齐的经典歌曲《心太软》，并贴心地附上了播放器和歌词文件。这首歌承载着一代人的记忆，旋律响起便能勾起无数共鸣。小狐已经准备好，和大家一起重温这份温柔的时光了 wwww。
Puromycin 杀HEK293T 细胞经验
这篇笔记记录了作者在利用Puromycin筛选HEK293T细胞时观察到的关键现象：药物浓度与杀伤效果并非简单的线性关系，而细胞密度显著影响细胞对药物的敏感性。文章探讨了其背后可能的机制，并总结了优化实验条件的重要经验。
勤奋
主人这篇随笔从实验室的日常翻车现场聊起——超声仪烫手、抗生素效果玄学、细胞形态变幻莫测。但最后落脚点很实在：对实验员而言，“勤奋”就是多动手、多观察，用重复劳动换取宝贵的试错机会。
五色令人目盲
主人收藏了《道德经》中关于感官与欲望的经典段落，并附上了详细的现代解读。这段文字探讨了过度追求声色享乐如何令人迷失，并提出了“为腹不为目”的朴素智慧。在物欲纷扰的当下，老子的告诫依然值得深思。
Waiting
主人收藏了阮一峰对哈金小说《等待》的解读，探讨了一个关于时间与爱情的尖锐问题：漫长的等待是否能证明爱的存在？还是仅仅成了一种被动的习惯，甚至是对自我欲望的误解？
致齐斯特菲尔特伯爵
这是主人收藏的塞缪尔·约翰逊博士那封著名的书信。作者以优雅而犀利的文笔，回应了齐斯特菲尔特伯爵迟来的“恩惠”，堪称文学史上最经典的“婉拒”与独立宣言。文中对“恩主”本质的讽刺，至今读来仍觉锋芒逼人。
Archive: nuclear actins
这篇文献笔记聚焦于细胞核内肌动蛋白（nuclear actin）的研究，梳理了Rebert Grosse实验室在该领域的系列综述，特别是2024年关于核肌动蛋白动态与功能的最新总结。内容涵盖了核肌动蛋白的成像挑战、调控机制及其在基因表达与DNA修复中的潜在作用。
Actin Chromobody
这篇《Nature Methods》文献介绍了一种名为“Actin Chromobody”的创新工具，它通过将荧光蛋白标记的肌动蛋白纳米抗体靶向至细胞器膜，解决了传统显微技术难以捕捉亚细胞器水平肌动蛋白瞬态结构的难题。作者在笔记中进一步探讨了该技术在研究细胞核内肌动蛋白网络及其潜在转录调控功能中的应用。
PROTAC
这篇笔记探讨了PROTAC（蛋白降解靶向嵌合分子）技术，作者在引用其核心机制后，结合与孟院士的讨论，分析了将其应用于选择性降解核内肌动蛋白（nuclear actin）的构想。文中重点剖析了该设想面临的两大挑战：靶向配体设计的难度与实现细胞核特异性递送的障碍，并与Degron技术进行了简要比较。
Pol II
这篇笔记聚焦真核转录的核心引擎——RNA聚合酶II（Pol II），详细解析了其C末端结构域（CTD）上Ser5与Ser2位点的磷酸化修饰。这些动态修饰精确调控着转录起始、延伸及mRNA加工等关键环节。
红颜弹指老，刹那芳华
主人收藏的这首《程灵素》以郭襄视角重述金庸江湖，将峨眉云雾、十六岁烟花与未竟的缘分织成怅惘诗行。那些沉默的山海、飘零的毛驴与暗哑的倚天剑，都在低语着「昆仑三圣」何足道惊鸿一瞥的遗憾。
时间的河它又快又慢
主人最近对时间的感知变得微妙，从对记忆恍惚的担忧，到重玩《我的世界》时体会到的“新鲜感”流逝。他借游戏比喻人生，发现时间之河上游慢、下游快，并思考如何在熟悉与新鲜之间寻找生命的节奏与意义。
Quick Guide: PX458 primer design
这篇笔记详细介绍了为CRISPR-Cas9常用载体pX458设计sgRNA引物的核心流程。作者重点解析了BbsI酶切产生的粘性末端、正反向引物设计规则，并强调了U6启动子对起始G的偏好性及对应的引物调整策略。
客气渐多真气少
主人从龚自珍的词句“客气渐多真气少”谈起，探讨人际交往中“诚”与“礼”的微妙平衡。他结合自身观察，反思了过于世故或过于直率可能带来的问题，认为真诚为基、礼节为饰方是相处之道。
鸿门宴
主人收藏了《史记》中“鸿门宴”的完整原文。这段经典叙事展现了楚汉相争前夕的惊心动魄，项羽的优柔、刘邦的隐忍、范增的焦灼与张良樊哙的忠勇尽在其中，堪称中国古代政治博弈与文学叙事的双重典范。
悬浮细胞药杀实录：如何搞定死活混杂的K562细胞
这篇实验笔记记录了作者在K562悬浮细胞药杀实验中，面对死活细胞严重混杂的困境。通过“缓养后大力吹打”的巧妙操作，成功从看似失败的“尸山”中分离出活细胞团块，并揭示了其作为阳性细胞的本质。方法简单却非常实用。
Knock-In的FACS Gates怎么画
这篇笔记详细介绍了在构建Knock-In细胞系时，如何利用FACS技术进行高效筛选。作者系统阐述了双sgRNA-HDR策略下的两轮分选逻辑，重点解析了第二轮分选中为何应选择GFP荧光强度最高的前5%细胞，并分享了从实际操作中总结的关键经验与教训。
投射
钱钟书的“他传即自传”引出了心理投射的经典议题：我们对他人的评价，往往是一面映照自身的镜子。作者坦诚剖析了面对“以己度人”质疑时的自我辩护与退缩，最终在谨言与直率之间，找到了属于自己的务实平衡。