T4 PNK还有3’磷酸酶活性
作者在文献阅读中发现，T4 PNK不仅具备已知的5‘-激酶活性，还拥有3’-磷酸酶活性，能将多种RNA末端统一修饰为5‘-P/3’-OH。这篇笔记记录了从“望文生义”到查证确认的过程。
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Super enhancer
这篇笔记聚焦于2013年Richard Young实验室在《Cell》上提出的“超级增强子”概念。文章以小鼠胚胎干细胞为模型，系统阐述了超级增强子的定义、区别于典型增强子的关键特征（如富集Klf4、Esrrb及超高Mediator水平），及其在建立和维持细胞特异性基因表达程序中的核心功能。
组蛋白甲基化和乙酰化修饰
这篇笔记系统梳理了表观遗传学中的核心机制：组蛋白甲基化与乙酰化修饰。文章详细阐述了其动态调控的酶学基础、不同修饰位点与基因表达状态的关联，并归纳了常/异染色质的标志性修饰特征。
稳转筛选
这篇笔记系统梳理了稳转细胞系筛选的关键实验策略。针对使用荧光标记或药物抗性筛选的不同情况，分别阐述了FACS富集流程与药物筛选对照设计的核心要点，并特别强调了根据稳转方法选择正确对照以及优化药物浓度的重要性。
让你的Protocol“动”起来
这篇文章展示了如何利用HTML、CSS和JavaScript构建一个交互式实验流程（Protocol）网页模板。通过进度条和分步导航，实验步骤变得可视化且可追踪，只需修改JSON文件即可适配不同实验。
APEX2-based Protein Proximal Labeling
这篇笔记详细记录了基于APEX2的蛋白质邻近标记技术，重点阐述了其能捕获弱/瞬时相互作用、探测难纯化区域（如线粒体膜间隙）的优势，并提供了从质粒构建、关键缓冲液配制到生物素标记、链霉亲和素珠富集及质谱分析的完整实验流程与优化要点。
GLP-1受体激动剂的医学转化
这篇笔记记录了作者在“转化医学和药物研发”课程中关于GLP-1受体激动剂的系统性梳理。文章从GLP-1的“葡萄糖依赖性”降糖机制入手，深入剖析了其半衰期短的核心问题，并详细对比了Exenatide（从蜥蜴毒液中发现）与Liraglutide（基于人源GLP-1改造）两种经典药物的研发历程、技术策略与商业竞争，生动展现了从基础发现到成功药物的转化全貌。
snRNA-L1 chimeras的形成机制
这篇笔记探讨了基因组中一类特殊的嵌合序列——snRNA-L1 chimeras，其典型特征为完整的snRNA（如U6）与5‘端截短的LINE-1序列融合。作者从假基因与LINE-1逆转录转座机制入手，梳理了这类序列可能的两种形成假说：经典的模板转换机制与较新的RNA连接酶介导的模型。
FANA和Morpholino两种ASO的区别
本文比较了两种反义寡核苷酸（ASO）技术：FANA与Morpholino。FANA属于RNase H依赖性ASO，通过激活RNase H降解靶RNA；而Morpholino不依赖RNase H，主要通过空间位阻抑制翻译和剪接。文章详细解析了两者的化学修饰、作用机制及各自的优缺点。
RNA变性胶
这篇实验笔记记录了首次进行RNA变性凝胶电泳的关键要点。作者详细比较了甲醛-琼脂糖与尿素-聚丙烯酰胺两种变性系统的特点与适用场景，并分享了从制胶、样品处理、上样到显影的全流程实操经验，特别是针对RNA二级结构变性、尿素残留影响及软胶处理等易错环节给出了具体解决方案。
关于给蛋白加tag
这篇笔记探讨了给蛋白加标签（tag）后，如何评估其对目的蛋白折叠与功能的影响。作者系统梳理了三种验证策略：从优先选择影响较小的HA-tag，到通过免疫荧光共定位间接验证天然构象，再到最可靠但繁琐的功能回补实验，并强调了后续IF/WB验证的必要性。
如何证明蛋白的新功能不依赖于旧功能所在的通路
本文探讨了如何通过遗传学实验设计，证明一个蛋白（如B1）在新通路（B通路）中的功能独立于其已知的旧通路（A通路）。作者以RTCB蛋白为例，详细解析了两种核心验证逻辑：敲除上游A1或回补下游A2，并观察新表型b是否被拯救，从而严谨地确立功能的独立性。
根据DNA分子量选择不同浓度的琼脂糖凝胶
这篇笔记探讨了琼脂糖凝胶浓度对DNA电泳结果的影响。作者通过对比实验发现，高浓度凝胶不仅影响分离速度，还可能导致条带大小判断失误，强调了根据DNA片段长度精确选择凝胶浓度的重要性。
PCR是玄学
这篇笔记记录了作者在PCR实验中遇到的困惑：相同条件下扩增效率差异显著，引物GC含量可能影响结果。作者进一步反思了qPCR定量isoform表达量的可靠性问题，并探讨了RNA-seq在区分剪接变体方面的潜力，最后延伸至基因组注释在不同细胞系中的适用性思考。
In-fusion cloning也是玄学
这篇笔记记录了作者在In-fusion克隆实验中遇到的连接失败问题。通过分析反应原理，推测是50℃反应温度下，同源臂单链易形成二级结构阻碍退火。验证性地调整同源臂序列后，克隆成功，并反思了连接时间过长可能带来的风险。
涂板最好带个阴性对照
这篇笔记记录了使用Bpi I限制酶的Golden Gate组装实验。作者在实验组和阴性对照（连接时不加片段）中都观察到了克隆，强调了设置阴性对照对于准确解读结果、排除假阳性的重要性。
连续做了十几个Western blot的经验记录
这篇实验笔记记录了作者在连续进行十几次Western blot后，针对小分子蛋白分离、结果可重复性、抗体选择、显影细节等关键环节的系统性复盘与经验总结，尤其指出了12% TG胶体系对10-15 kDa蛋白分辨的局限性。
Co-IP实验细节
这篇笔记系统梳理了Co-IP实验的关键细节与常见陷阱。作者基于专业讲座，重点总结了阳性/阴性对照的设置原理、抗体与裂解液的特定选择标准，以及实验失败的可能原因与优化思路。
一次定点突变、一次融合PCR的实验记录
作者详细记录了为修复小鼠基因CDS中的单碱基突变并添加3xFlag标签，历经四次定点突变尝试的曲折过程，从引物设计失误、高保真酶校对活性干扰到环状PCR异常，最终通过分段克隆成功。同时，为获取特定剪接变体，首次采用融合PCR技术拼接DNA片段并一次成功。文中还提出了序列一致性、剪接变体选择等值得深思的技术问题。
用于CRISPR的gRNA设计
这篇笔记整理了CRISPR实验中gRNA设计的关键考量。作者系统比较了基因敲除、HDR编辑、碱基编辑及CRISPRa/i等不同应用场景下，gRNA在靶点位置选择、序列活性优化与脱靶效应规避之间的权衡策略。
小鼠基因型鉴定
这篇笔记系统梳理了小鼠基因型鉴定的核心流程，从孟德尔遗传定律的应用、剪脚趾取样与编号的实操细节，到基因组提取、PCR引物设计及结果判读的原理。作者以条件性敲除小鼠为例，结合电泳图谱，具体说明了如何通过条带差异筛选目标基因型，并讨论了实验中的注意事项与对照设计。
使用Knockout-First打靶策略构建基因敲除鼠
这篇笔记系统梳理了构建基因敲除鼠的经典策略，重点解析了结合Cre-loxP与FLP-FRT系统的“Knockout-First”方法。文章详细阐述了其设计原理、从完全性敲除到条件性敲除的灵活转换机制，以及具体的构建步骤与杂交策略。
CRISPR是比Morpholino更牛逼的工具吗
本文探讨了CRISPR/Cas9基因敲除与Morpholino基因敲降在发育生物学研究中的表现差异。作者梳理了反向遗传学工具的发展，指出看似更彻底的基因敲除有时反而产生比敲降更轻微的表型，并深入分析了“转录适应”等遗传补偿机制可能的原因。
内质网应激(ERS)反应
这篇笔记聚焦于细胞应对内质网应激(ERS)的核心机制——未折叠蛋白反应(UPR)。文章详细梳理了IRE1、PERK、ATF6三条主要信号通路，并特别探讨了裂殖酵母中IRE1通过调控mRNA稳定性（RIDD）而非传统剪接来维持蛋白质稳态的独特发现，揭示了该通路在进化上的可塑性。
生物学历史框架
作者整理了生物学史上的一系列关键节点，从细胞学说的建立到CRISPR技术的发明，旨在构建一个便于理解和记忆的时间框架，将孤立的历史事件串联成学科发展的脉络。
中心法则
这篇笔记整理了分子生物学中“中心法则”的核心图解。它清晰地展示了遗传信息从DNA到RNA再到蛋白质的经典流向，并涵盖了逆转录等关键补充路径。作者通过三张图示，系统梳理了这一基础理论的核心框架与信息传递方向。
图位克隆
这篇笔记系统梳理了图位克隆（位置克隆）的核心原理与技术流程。作者以水稻黄叶突变体为例，阐释了如何利用分子标记与基因连锁分析，在未知基因产物信息的情况下，逐步定位、分离目标基因，并介绍了染色体步行等经典方法。
真核生物mRNA成熟过程
这篇笔记系统梳理了真核生物mRNA成熟的核心加工步骤：5’端加帽、剪接和3’端加尾。文章详细阐述了剪接体的分类、作用机制以及关键的顺式调控元件，并进一步探讨了可变剪接与选择性多聚腺苷酸化如何极大地丰富了转录组的多样性与调控层次。
蛙受精卵发育过程
这篇笔记记录了作者观看B站影视飓风关于蛙受精卵发育过程的视频心得。该视频以教科书级别的清晰度与专业性，生动展示了从受精到早期胚胎发育的关键形态变化，堪称经典教学素材。